2 января 1906 г. епископ Кирион сообщил в письме священнику Сосо Чиджавадзе, что во время рассмотрения грузинского церковного вопроса в Санкт-Петербурге будут «лучшие представители нашей страны», и в первую очередь, И.Г. Чавчавадзе. По воспоминаниям настоятеля тифлисской церкви Квашвети священника Каллистрата Цинцадзе (впоследствии католикос-патриарх Каллистрат III), за несколько дней до отъезда И.Г. Чавчавадзе беседовал с ним об автокефалии и просматривал хранящиеся в архиве священника документы, касающиеся этого вопроса; Каллистрат Цинцадзе отметил высокую степень осведомлённости и убедительность аргументации И.Г. Чавчавадзе. В письме (апрель 1907 г.) И.Г. Чавчавадзе сообщил епископу Кириону, что при встрече с графом И.И. Воронцовым-Дашковым ему удалось убедить наместника собрать совет для обсуждения вопроса об автокефалии. Признавая позитивные стороны подданства России (длительный мир, развитие инфраструктуры, градостроительство, подъём экономики, науки и образования и др.), И.Г. Чавчавадзе был убеждён, что существование в пределах столь большой империи ограничивает «жизненную энергию грузинской нации и мешает развитию её самосознания». Считая необходимым восстановление не только автокефалии ГПЦ, но и независимости Грузии, он добивался её политической автономии как начального этапа этого процесса. И.Г. Чавчавадзе имел огромный авторитет среди грузин; его называли «отцом нации», «некоронованным царём Грузии». До конца жизни он оставался наиболее влиятельной фигурой в общественной жизни Грузии. И.Г. Чавчавадзе был убит в селе Цицамури группой молодых людей (Г. Бербичашвили, Г. Модзгвришвили, Т. Лабаури и др.). Мотивы убийства до сих пор исследователям точно не известны. Гибель И.Г. Чавчавадзе вызвала значительный резонанс в грузинском обществе. 7 сентября 1907 г. гроб с телом И.Г. Чавчавадзе из Сагурамо был перевезён в тифлисский кафедральный собор в честь Успения Пресвятой Богородицы (Тбилисский Сиони), отпевание совершили Александр (Окропиридзе; епископ Гурийско-Мингрельский, с 4 ноября 1903 г. – на покое), епископ Имеретинский Леонид (Окропиридзе), епископ Горийский Пётр (Кончошвили) и другие епископы, священнослужители; пели три хора; с речами выступили известные церковные и общественные деятели. На похоронах И.Г. Чавчавадзе присутствовало свыше 60 тыс. человек. Трактиры и питейные заведения Тифлиса были закрыты, в окнах домов вывешены чёрные флаги. И.Г. Чавчавадзе был похоронен в пантеоне грузинских деятелей на горе Мтацминда. Памятник И.Г. Чавчавадзе был заказан в Париже, в мастерской Огюста Родена, у скульптора Якова Николадзе: он представляет собой мать, символ грузинского народа, оплакивающую своего незабвенного сына. Ольга Гурамишвили попросила изменить смертный приговор убийцам её мужа.