В надписи плохой сохранности рассказывалась история написания Евангелия от Иоанна по апокрифу «Хождение Иоанна Богослова», созданному его учеником Прохором. Между евангелистами на восточной арке изображён Нерукотворный Образ Спасителя на Убрусе, на западной – Нерукотворный Образ Спасителя на Чрепии (св. Керамида), на северной – Христос Еммануил и на южной – Христос Ветхий денми. В апсиде помещены Богоматерь с Младенцем на троне и поклоняющиеся архангелы (в конхе), композиция «Поклонение жертве», архидиакон Стефан и Евпл (в нише жертвенника), на сводах и в верхних частях стен – Праздники и Страсти Христовы, в нижнем ярусе – фигуры святых в рост, среди которых Константин и Елена, воины и целители, в проёме двери – фигуры столпников. Иконографическая программа декорации притвора интересна исследователям одним из самых обширных и ранних в византийской монументальной живописи житийных циклов святителя Николая, патрона храма. Он состоит из 18 сцен, 16 из них расположены на своде, две – в нишах (аркосолиях) на западной стене. Две ктиторские композиции располагаются в восточной части храма: на восточной стене, слева от входа в наос, представлен святитель Николай, которому севастократор Калоян и его жена Десислава подносят макет церкви; направо от входа и рядом с ним, но на южной стене – образ Христа Халкитиса, царь Константин Асен и царица Ирина Ласкарина. В нише над дверью, на восточной стене нартекса, изображена Богоматерь типа Евергетида с Младенцем на правой руке. На той же стене изображены родители Марии праведные Иоаким и Анна, поклоняющиеся Младенцу. Наверху арки, над Богоматерью с Христом, – Божья десница в круглой мандорле. В аркосолиях на северной и южной стенах расположены композиции «Введение Богородицы во храм» и «Преполовение». В первом регистре представлены преподобные, святые жёны, в южной нише – самое раннее изображение болгарского святого Иоанна Рильского (напротив него св. Пахомий) и в северной нише – св. Параскева (Петка) Тырновская (Эпиватская), особо почитаемая болгарами после перенесения около 1230 г. её мощей в столицу царём Иоанном II Асенем. На западной стене нартекса, по сторонам от двери, изображены великомученицы Варвара и Анастасия (Неделя) в позе орант, на южной стене – великомученица Екатерина. На северной и южной стенах изображены преподобные Антоний Великий, Савва Освященный, Арсений Великий, Евфимий Великий, Феодор Студит и Ефрем Сирин. На некоторые особенности иконографии композиций притвора Боянской церкви обратил внимание Андре (Андрей Николаевич) Грабар, который указал константинопольские образцы для ряда изображений (Христос Евергет, Христос Халкитис, Чудо с ковром из цикла чудес святителя Николая) и на проявление западных влияний, например, в жесте Десиславы, а также в отдельных сценах цикла святителя Николая.