Однако, по сведениям хронистов Феофана Исповедника и Георгия Кедрина, храм был основан в 429 г. Пульхерией, сестрой императора Феодосия II, и в нём была помещена десница Иоанна Предтечи, привезённая из Иерусалима. Святыня выносилась во время церемоний коронаций и свадеб императоров; утрачена после XII в. В конце V в. император Зинон поместил здесь кодекс Евангелия от Матфея, обретённый на мощах Варнавы Кипрского; Евангелие читалось в храме один раз в год, в Великий четверг. В X в. в храме также хранился Большой Крест Константина – религиозно-государственная святыня, перед которой императоры совершали молитву во время торжественных выходов; позднее он, как полагают исследователи, был перенесён в церковь Неа-Экклесиа, так же как и другие святыни и реликвии, неоднократно по разным причинам менявшие своё местонахождение в пределах Большого дворца. 3. Церковь Неа-Экклесиа императора Василия I Македонянина (Новая церковь), которая известна по описаниям в «Житии императора Василия» и по подробному сообщению русского паломника Антония Новгородcкого (1200 г.). Заложена в 876 г. по заказу императора Василия I и освящена 1 мая 881 г.; находилась на юго-востоке от Хрисотриклина, на месте более раннего Циканистириона. Церковь представляла собой центрическое купольное сооружение, квадратное или крестообразное в плане, т.е. была одним из первых классических образцов крестово-купольной архитектуры, распространённой впоследствии в Византии и в Восточной Европе. Имела пять куполов, как полагают исследователи, один в центре был посвящён Христу, и четыре по углам, которые были посвящены архангелу Михаилу (и Гавриилу?), пророку Илие, Богородице и Николаю Чудотворцу; также при алтаре было четыре небольших придела. Позднее за храмом закрепилось посвящение во имя архангела Михаила (впервые зафиксировано по описанию паломника Антония из Новгорода в 1200 г.). Храм славился своей богатой декорацией: интерьер был украшен мозаикой на золотом фоне с изображениями Христа в главном куполе, Богородицы в конхе апсиды, пророков, апостолов и святых. Алтарная преграда и престол были украшены серебром и драгоценными камнями, пол сделан из красного мрамора, купола были покрыты бронзой. При главном входе установлены два фиала из красного и белого мрамора со скульптурами фантастических животных. Для украшения церкви Неа-Экклесиа использовался декор старых зданий Константинополя, в том числе мавзолея императора Юстиниана при соборе св. Апостолов. В X–XI вв. храм был местом некоторых наиболее важных и торжественных событий придворной жизни. В 907 г. патриарх Николай Мистик не позволял императору Льву VI Мудрому войти в эту церковь, что было воспринято как отлучение императора, вступившего в четвёртый брак. В 963 г. здесь состоялось венчание императора Никифора II Фоки и августы Феофано, вдовы императора Романа II Лакапина, в 1042 г. – свадьба порфирородной Зои и императора Константина IX Мономаха. В XII в. на некоторое время при церкви был образован монастырь. В конце XII в. при императоре Исааке II Ангеле часть украшений была использована для новых построек и интерьеров. В церкви находились реликвии, большинство из которых демонстрировали средневековое понимание императорской и монархической власти, характерное для Византии, её развитие в Ветхом Завете и эсхатологическую связь империи с царством Христа, которое наступит после Страшного Суда.