В 1557 г. была восстановлена Печская патриархия. С началом Австро-турецких войн у сербов появились надежды на освобождение от турецкого ига. Патриарх Иоанн и епископ Вршацкий Феодор были одними из предводителей восстания 1594 г., жестоко подавленного Синан-пашой, который, верно оценив силу «святосавского духа», поручил доставить мощи Саввы из монастыря Милешева в Белград, чтобы сжечь их в городском предместье Врачар и развеять в Сербии. Позже на этом историческом месте Белграда была выстроена церковь во имя Саввы. В XVII–XVIII вв. в ходе военных действий, где сербы принимали участие на австрийской стороне, Белград неоднократно переходил из рук в руки. 18 июня 1690 г. в Белграде состоялся Собор высшего духовенства и предводителей народа, который направил епископа Исаию (Джаковича) к австрийскому императору для ведения переговоров об условиях существования сербского народа и церкви в Австрийской империи. Печский патриарх Арсений III (Черноевич) требовал полной свободы религиозной и церковной жизни и признания его власти над всеми сербами, проживавшими не только в старых вотчинах под турками, но и над теми, кто жил в австрийских областях, что было равносильно признанию единства сербской нации. Австрийская сторона неоднократно нарушала данные обязательства, пытаясь насильственно насаждать унию. Получив в 1718 г. по мирному договору от Турции территорию Белградской митрополии, Австрия не позволила ей войти в Карловацкую митрополию. Однако после смерти Карловацкого митрополита и с окончанием австрийской оккупации в 1726 г. Собор в Карловцах объединил обе митрополии под властью Белградского митрополита Моисея (Петровича) в единую Белградско-Карловацую митрополию, просуществовавшую 13 лет. В 1737 г. началась Русско-турецкая война. По белградскому миру 1739 г. город вновь оказался под турками. Другим следствием неудач в этой войне было новое великое переселение сербов в Австрию под предводительством Печского патриарха Арсения IV (Шакабены). В Печ Константинопольская патриархия стала поставлять греков патриархов, пока окончательно не упразднила Печскую патриархию (1766 г.). Духовная власть над сербской землёй находилась в руках фанариотских епископов, которые старались угодить больше туркам, чем заботились о сербской пастве. В конце XVIII в. султан был вынужден сделать некоторые послабления сербскому населению, особенно в Белградском пашалыке, находившемся на границе Османской империи с Австрией. Этим были недовольны турецкие феодалы, предпринявшие после убийства белградского везира и разделения власти в пашалыке между собой «великую сечу князей» – убийство в 1801 г. выдающихся людей по всей Сербии. На Сретение 1804 г. вождём первого сербского восстания был избран воевода Карагеоргий. Уже весной повстанцы достигли Белграда, а в конце 1806 г. взяли город. Белград оставался центром освобождённой Сербии до 1813 г., когда, согласно Русско-турецкому миру 1812 г., в сербские города должны были возвратиться турецкие гарнизоны, которые учинили расправу над жителями. В 1814 г. в белградской крепости Калемегдан за отказ принять мусульманство белградским везиром были посажены на кол преподобномученики игумен Паисий (Ристович) и Аввакум Диакон.