В книге «О Единении» Бабай Великий полностью воспроизводит христологическую формулу Нестория из «Книги Ираклида». В его богословии фактически соединились все линии антиохийского богословия. Так, у него исследователи находят общеантиохийский термин «литургическое лицо» Христа; «единство чести, власти и поклонения», которое подобает Господу; христологические позиции и сотериологию Феодора Мопсуестийского; термин «лицо откровения», который развился из толкования на 1 Тим. 3:16 (Бог явился во плоти, оправдал Себя в Духе, показал Себя Ангелам, проповедан в народах, принят верою в мире, вознёсся во славе). Двойственность во Христе и чёткое различение двух природ у Бабая Великого связаны со стремлением сохранить полную трансцендентность божества и не допустить мысли о том, что Бог может претерпевать страдание (для антиохийской традиции страдание было признаком падшей человеческой природы). Спасение человечества может быть достигнуто только через человеческое естество Христа, которое обожилось в Воскресении. Характерное для Бабая Великого мнение – это сохранение обеих природ, их особенностей (идиом) и, следовательно, их ипостасей. По учению Бабая Великого, соединение двух природ произошло в момент ангельского благовестия. В богословии Нестория главное внимание уделяется двум лицам и их соединению. Основная тема богословия Бабая Великого (две ипостаси и их соединение в одно лицо) связана с тем, что он заимствовал не основную формулу Нестория «две природы – две ипостаси – два лица – одно лицо», а вариант антиохийской формулы, которая встречается в начале «Книги Ираклида» и, по мнению Л. Абрамовски, принадлежит Псевдо-Несторию («две природы – два лица – одно лицо»). Если Несторий говорит о невозможности непосредственного соединения двух природ, то для Бабая Великого важнее то, что ипостаси не могут самостоятельно соединиться. Так, в начале главы 17 «О Единении», в определении терминов, Бабай Великий постулирует, что лицо может быть соединённым, а ипостась – нет. Одна ипостась не может сама воспринять другую ипостась или быть воспринята ею (несообщима, неразделима и не может принять иную). Лицо же у Бабая Великого – это то, что отличает друг от друга различные ипостаси. Отсюда неизбежно следует, что Бабай Великий не принимает одну ипостась Христа в смысле халкидонских вероопределений. В «Ватиканском трактате» он говорит, что «Бог Слово, вторая ипостась Троицы, имеющая Лицо единения, восприял наше человечество в своё Лицо и даровал своё Лицо человеку, родившемуся в Ложеснах Блаженной Госпожи Марии. Так Лицо Усыновления Слова стало Лицом Того, кто образовался в Ней. Слово есть совершенная ипостась, и человечество есть совершенная ипостась, как у любого иного человека». С другой стороны, Бабай Великий, по мнению исследователей, единственный из восточно-сирийских богословов, кто употребил выражение «Богородица», что может свидетельствовать о тенденции к пересмотру традиционной богословской терминологии Церкви Востока под влиянием хнанитского кризиса. Аскетические воззрения Бабая Великого выражены в его комментарии на творения Евагрия Понтийского, которые были одними из главных источников для всей восточно-сирийской аскетической традиции.