Неподалёку от лагеря поселилась одна из его духовных дочерей, врач М.П. Лаврова, которой время от времени удавалось оказывать ему помощь. В 1935 г. Борис Холчев был досрочно освобождён и поселился в Орле. В 1938 г. он вместе с М.П. Лавровой по совету Сергия Мечёва переехал в Рыбинск, где его никто не знал. У Бориса Холчева открылся туберкулёз, ослабело сердце, развилась сильная близорукость, он получил инвалидность. В 1940 г. в Рыбинск переехал Сергий Мечёв. Весной 1941 г. состоялась последняя встреча пастырей-исповедников, Сергий Мечёв сказал, что скоро умрёт, и поручил Борису Холчеву своих духовных детей. 7 июля 1941 г. Сергий Мечёв был арестован и вскоре расстрелян. В 1948 г. Борис Холчев переехал в Среднюю Азию и обратился к Ташкентскому епископу Гурию (Егорову) с просьбой о назначении на приход. 15 сентября 1948 г. был зачислен в штат храма во имя Сергия Радонежского в Фергане, вскоре назначен благочинным Ферганского округа. Став в 1950 г. настоятелем храма, Борис Холчев установил ежедневное совершение богослужений, после которых проводил беседы с паствой, прекратил практику «общей исповеди». Его проповеди записывались прихожанами и в тысячах копий расходились по епархии. В результате его миссионерской работы, которая была необходима также по причине большого числа баптистов и хлыстов среди местных жителей, число крещаемых по воскресным дням достигало 40 человек. По просьбе Бориса Холчева иконы для иконостаса Сергиевского храма были написаны Марией Николаевной Соколовой (впоследствии монахиня Иулиания), знавшей священника по храму на Маросейке, по подобию иконостаса Троицкого собора Троице-Сергиевой лавры. 7 июня 1953 г. епископ Ташкентский и Среднеазиатский Ермоген (Голубев) возвёл Бориса Холчева в сан протоиерея и назначил священником Успенского кафедрального собора Ташкента, в 1955 г. – настоятелем собора. В 1954 г. протоиерей Борис Холчев был назначен председателем епархиального управления по вопросам подготовки епархиальных кадров, пенсионным вопросам и делам помощи беднейшим приходам. Его широкая известность и авторитет среди верующих стали причиной того, что власти запретили ему принимать народ. 7 октября 1955 г. протоиерей Борис Холчев был пострижен в монашество епископом Ермогеном (Голубевым) с сохранением имени, «ибо он всю жизнь был монахом»; 26 ноября возведён в сан архимандрита. Вскоре епископ Ермоген (Голубев) представил кандидатуру Бориса на епископство. Однако чиновник из Совета по делам религий при Совмине СССР, в 1930 гг. в качестве следователя занимавшийся делом Бориса (Холчева), отклонил рекомендацию. В августе 1957 г. Борис был освобождён от обязанностей настоятеля кафедрального собора и назначен духовником епархии. До последних дней, несмотря на почти полную слепоту и многие болезни, Борис нёс чреду священнослужения и окормлял священнослужителей и мирян не только Ташкентской епархии, но и множество людей, приезжавших к нему со всех концов страны. Отпевание Бориса совершил епископ Платон (Лобанков). К могиле Бориса, расположенной близ часовни «Всех скорбящих Радость» на ташкентском Боткинском кладбище, совершают паломничество православные верующие со всей Средней Азии.