После захвата членами секты киевского собора Святой Софии и хулиганских выходок руководители секты были арестованы, несколько сот сектантов в крайней степени физического и психического истощения были задержаны. Многие из них объявили сухую голодовку, но постепенно бо́льшая часть их пришла в себя и была отпущена по домам. М. Цвигун, Ю. Кривоногову и В. Ковальчуку («патриарху-папе», или «апостолу Иоанну-Петру II») предъявили обвинения в организации беспорядков, нанесении ущерба здоровью и имуществу граждан и приговорили к разным тюремным срокам: М. Цвигун – к четырём годам, В. Ковальчука – к шести, Ю. Кривоногова – к семи годам). Организация была ликвидирована. Следствие так и не дало ответов на многие вопросы, главным образом, о финансировании «Белого братства» и неуязвимости для правоохранительных органов давно объявленных в розыск лидеров. Во время следствия М. Цвигун поссорилась с Ю. Кривоноговым, развелась с ним, прокляла его, назвав Иудой. Было объявлено о её помолвке с Иоанном-Петром II. Гебар (Полищук), Израиль (Журавель) и Иерофан (Соловьёв), также являвшиеся руководителями секты, были отпущены, сохранился и костяк организации. Оставшиеся члены «Белого братства» перешли на полуподпольное положение в ожидании, когда их призовут вновь. М. Цвигун в воззваниях из мест заключения давала указания своим адептам возвращаться в семьи и питаться нормально. В августе 1997 г. М. Цвигун вышла на свободу, вскоре по амнистии был освобождён В Ковальчук, и их свадьба состоялась. Ю. Кривоногов отбыл весь срок и вышел на свободу в начале 2000 г., заявив, что «Белое братство» было ошибкой, за которую он заплатил, и не хочет ни о чём вспоминать. Первоначально М. Цвигун скрывалась от большинства членов секты и не возвращалась к активной деятельности, общаясь с избранными по конспиративным каналам. Тем не менее, «Белое братство» вновь активизировалось в различных российских и украинских городах. В конце 1998 г. Министерство юстиции Украины отказало десяти членам секты в регистрации организации. В настоящее время «Белое братство» издаёт иллюстрированный журнал «Юсмалос» (тираж 777 экз.), являющийся вероучительным источником для его членов. Главная тема журнала – брак и счастливая семейная жизнь «Матери Мира Марии Дэви Христос» и «Отца Светов Иоанна-Петра Второго», запечатлённая на многочисленных фотографиях; деятельность секты до 1998 г. объявляется виной «гнусного провокатора Иуды Кривоногова». В учении секты усилилось влияние Рерихов, апокалиптизм приобрёл отчасти эволюционный характер, сохранился дух идеологии «Новой эры». Таким образом, опасность того, что латентный период существования секты вновь перейдёт в любого рода обострение, остаётся. Публикации секты содержат ожесточённые нападки на недругов организации: сотрудников прокуратуры, милиции, украинских и российских чиновников, иерархов православной церкви, на всех, кто не принимает учения секты. Группы адептов «Белого братства» собираются на конспиративных квартирах, изучают журналы и проводят многочасовые богослужения, состоящие из скандирования стихов М. Цвигун и бесконечных призывов к ней. Каждое указание, исходящее от «живого бога», подлежит немедленному исполнению, поэтому секта продолжает представлять значительную потенциальную опасность.