Начавшийся в Битоле в XIX в. бурный подъём развития ремесла и торговли привёл к тому, что в 1831 г. она стала главным городом всей Европейской Турции (вилайет Румелия) и вторым по значению экономическим центром в регионе после Салоник. В середине – второй половине XIX в. город неоднократно посещали русские путешественники-исследователи (Виктор Иванович Григорович (1844 г.), архимандрит Антонин (Капустин; 1863 г.), Александр Фёдорович Гильфердинг (1868 г.) и др.), часть которых оставила путевые заметки о нём. В конце XIX в. Битола получила название «город консулов», т.к. в ней находились консульства 12 стран (в том числе русское, австрийское, английское, греческое, сербское). В период турецкого владычества Битола становится крупным мусульманским религиозным центром, где насчитывалось несколько медресе и более 60 мечетей (ныне осталось 12, многие из них являются памятниками архитектуры: мечети Исак-джамия (1508 г.), Хаджи-Бей-джамия (1521–1522 гг.), Ходжа-Ахмед-Эфенди-джамия (1529 г.), Ени-джамия (1559 г.), Айдар-Кади-джамия (1562 г.) и др.). В 1874 г. Битольская епархия вошла в состав Болгарского Экзархата. Битола являлась очагом антитурецкого национально-освободительного движения, её жители приняли активное участие в Ильинденьском восстании 1903 г., при подавлении которого город сильно пострадал. В 1912 г. во время первой Балканской войны Битола была освобождена сербскими войсками от турок и вошла в состав Сербии. В ходе Первой мировой войны была временно занята болгарскими войсками (ноябрь 1915 г. – сентябрь 1916 г.). В 1920 г. Битольская и другие епархии Вардарской Македонии перешли в юрисдикцию Сербского патриархата. Сербским патриархом Димитрием (Павловичем) в Битоле была открыта духовная семинария. В 1931–1959 гг. Охридская и Битольская епархии были объединены в одну с кафедрой в Битоле. С 1967 г. Битола является кафедрой Преспанско-Пелагонийской митрополии Македонской православной церкви. Главные храмы Битолы: кафедральный собор – базилика великомученика Димитрия (1830 г.) с резным иконостасом и собор Рождества Пресвятой Богородицы (XIX в.), в котором находятся гробницы митрополитов Григория (ум. в 1901 г.) и Климента (ум. в 1979 г.); иконостас собора составлен из двух иконостасов из церквей в сёлах Магарево и Трново в окрестностях Битолы. С Битолой связан, по мнению исследователей, иконографический извод Богоматери Пелагонитиссы (вариант «Взыграния Младенца»), наиболее известный список этой иконы, выполненный в 1422 г. зографом Макарием, хранится в Музее Македонии в Скопье. Согласно хиландарскому преданию, записанному во второй половине XVI в. в Москве, подлинник иконы был взят из Битолы Стефаном Душаном во время похода на Серры (1346 г.), чудесным образом способствовал взятию города сербами и был вложен царём в Хиландар (с большой степенью вероятности образ отождествляется исследователями с литийной монастырской иконой «Богоматерь Авраамиотисса» XIV в. с изображением пророка Илии на обороте – Евхаитская (Серрская) икона Божьей Матери). Местночтимые святые: преподобный Нектарий Битольский (ум. в 1500 г.), новомученики Агафангел Битольский (ум. в 1727 г.) и Ангел Битольский (Флоринский; ум. в 1750 г.).