В начале XX в. монастырь владел до 600 десятинами земли. В 1764 г. в Берлюковской пустыни было восемь человек братии, в 1830 г. – 15 человек, в 1834 г. – 33 человека, в 1858 г. – 58 человек, в 1874 г. – 70 человек, к 1917 г. – около 100 человек. Почитались в обители похороненный в склепе собора Христа Спасителя архимандрит Венедикт (ум. в 1855 г.) и сменивший его афонский постриженик иеромонах Парфений (Агеев), а также ученик валаамского иеросхимонаха Клеопы иеросхимонах Макарий (Брюшков; ум. в 1847 г.), подвизавшийся близ обители в пещере на берегу реки Вори. Монастырь посещали Иван Сергеевич Шмелёв, Сергей Иванович Танеев и др. Последние известные настоятели – игумен Николай (1910 гг.), общавшийся с архимандритом Арсением (Жадановским), и архимандрит Пётр (Орлов). В 1920 г. Берлюковская пустынь была закрыта, храмы, обращённые в приходские, действовали до 1 мая 1930 г. Часть братии поселились в окрестных деревнях, другие подверглись репрессиям. Один из них, послушник Димитрий Георгиевич Щепакин, был арестован и погиб в ссылке около 1932 г. В 1930 гг. в келейных корпусах размещались дом инвалидов войны и труда, затем санаторий для туберкулёзных больных, с 1941 г. – госпиталь на 100 мест, с 1945 г. – дом инвалидов, с 1961 г. – больница №12, с 1972 г. до настоящего времени – Московская городская больница №16 для больных туберкулёзом и психическими заболеваниями. Сохранились Спасский собор, надвратный храм Василия Великого, Троицкая церковь, храм Иоанна Предтечи, часть корпусов, ограда, колокольня (самая высокая в Московской области). В 1992 г. был зарегистрирован приход храма Христа Спасителя, но местные власти отказались вернуть РПЦ весь монастырский комплекс, в 1993 г. с монастырской колокольни во время бури сорвало крест. 22 мая 1999 г., в день памяти Николая Чудотворца, клирики Ногинского благочиния у колокольни Берлюковской пустыни совершили молебен святителю Николаю о возрождении обители. В 1992 г. при монастырском храме Христа Спасителя была зарегистрирована православная община. В 2002 г. настоятелем храма назначен иеромонах Евмений (Лагутин). 26 декабря 2006 г. Священный Синод РПЦ принял решение о возобновлении монашеской жизни в Берлюковской пустыни. Настоятелем монастыря определено быть иеромонаху Евмению (18 февраля 2007 г. возведён в игумены).