Из села Савинского в Берлюковскую пустынь перевезли Никольский храм со всей утварью и колокольней, из деревни Топорково (родины деда митрополита Платона) на кладбище монастыря – деревянную Казанскую церковь. Владельцы соседних имений (князья Василий Владимирович Долгоруков, Пётр Иванович Тюфякин, граф Яков Александрович Брюс) вносили большие пожертвования. Указом Святейшего Синода от 2 декабря 1779 г. Берлюковская пустынь была утверждена заштатным монастырём Московской епархии на собственном содержании. При иеромонахе Иоасафе (до 1794 г.) на месте старой церкви выстроили тёплый трёхпрестольный Троицкий храм с приделами святителя Николая и мученика Мины, а также братский и настоятельский корпуса. Первая половина XIX в. – период расцвета обители, связанный с обретением в Берлюковской пустыни в 1829 г. чудотворного образа «Лобзание Христа Иудою». На икону, служившую крышкой для бочек с солениями, обратил внимание монастырский пекарь. О чудесах от иконы по распоряжению Московского митрополита Филарета (Дроздова) были сделаны обстоятельные дознания тремя благочинными. Паломники со всей России приходили к берлюковской иконе, получая через неё исцеления. Торжественное празднование иконе совершалось в десятое воскресенье после Пасхи. Небольшие постройки уже не вмещали богомольцев. Благодаря пожертвованиям дворянских и купеческих семей (к 1835 г. было собрано больше 140 тыс. руб.) и деятельности строителя (с 1840 г. – игумена, с 1853 г. – архимандрита) Венедикта (1829–1855 гг.) были построены каменные пятиглавый собор во имя Христа Спасителя (освящён Филаретом в 1848 г.), надвратная церковь во имя Василия Великого (около 1842 г.), Всехсвятская церковь (освящена Филаретом в 1853 г.), двухъярусная колокольня (1851 г.), двухэтажный каменный корпус с братскими кельями (1852 г.), двухэтажный каменный корпус трапезной, келарни, кухни, хлебопекарни (1839 г.), ограда с башнями (1840 г.), каменная баня на берегу реки Вори, вход в которую устроили под Западной башней обители. На пожертвование (3 тыс. руб.) московского купца Никиты Щеникова над пещерой на берегу реки Вори была выстроена церковь Иоанна Предтечи. В 1895–1900 гг. по проекту архитектора Александра Степановича Каминского на средства московского купца Самойлова была построена четырёхъярусная 104-метровая колокольня. За оградой находились две двухэтажные гостиницы, два корпуса странноприимного дома, скотный и конный дворы, дома для конюхов и скотников, магазин. При пустыни на полном её содержании существовала школа. В 1914 г. на пересечении Ладожской и Ирининской улиц Москвы по проекту архитектора И.Ф. Мейснера была построена часовня обители (разрушена в 1928 г.).