В конце XVIII в. настоятели неоднократно жаловались в епархиальную консисторию на недостаточное число в обители иеромонахов, пьянство, драки, бродяжничество и невежество братии. Указом Синода от 28 октября 1798 г. Буйничский монастырь был приписан к могилёвскому Братскому монастырю, в котором была учреждена архимандрития. К началу XIX в. в Буйничском монастыре жили 145, в 1833 г. – 71 насельник. Настоятелями обители являлись будущие архиереи Венедикт (Григорович; 1815–1821 гг.), Арсений (Москвин; 1826–1827 гг.), Поликарп (Радкевич; 1829–1835 гг.). Во время войны 1812 г. архимандрит Иоасаф в числе других настоятелей могилёвских монастырей был вынужден исполнить указ епископа Варлаама (Шишацкого) о присяге Наполеону и поминании его на богослужениях. По инициативе Гавриила (Городкова) определением Святейшего Синода от 6 июля 1835 г. Буйничский монастырь был обращён в женский с припиской к нему Борколабовского монастыря, из которого в Буйничского монастыря перевели игуменью Капитолину и большую часть насельниц (11 монахинь и 22 послушницы). К 1835 г. монастырь владел около 1300 десятинами земли, в 1842 г. он был лишён всех земельных владений и отнесён ко второму классу. В первой половине XIX в. в монастыре существовали: каменная тёплая Никольская церковь и каменный Свято-Духовский собор с приделами во имя Иоанна Предтечи и в честь Успения Богородицы (собор был обновлён в 1810 г.). С 1835 г. в соборе находилась копия Борколабовской иконы Божьей Матери. 15 декабря 1895 г. от пожара пострадала Никольская церковь, которую вскоре перестроили (освящена 4 декабря 1900 г.). До конца XIX в. монастырская ограда, кельи и другие помещения были деревянными, в 1899 г. были сооружены каменные ограда, колокольня, трапезная. С 1835 г. при Буйничском монастыре существовал дом призрения девиц духовного звания, содержавшийся на пособия правительства, пожертвования благотворителей, средства от продажи швейных изделий, изготовленных воспитанницами. В 1846 г. для дома призрения за оградой монастыря был выстроен дом с больницей, разбит сад. В 1863 г. дом призрения преобразовали в училище для девиц духовного звания, которое в 1892 г. было переведено в Могилёв. В освободившемся помещении вновь открыли приют для сирот, затем – первую в епархии женскую двухклассную церковноприходскую школу для всех сословий (в 1902 г. в ней училась 141 девочка). В начале XX в. в Буйничском монастыре жили 18 монахинь и 55 послушниц. Могилёвский епископ Мисаил (Крылов) высоко отзывался о монашеской жизни насельниц. 15 января 1919 г. решением исполкома Могилёвского горсовета владения Буйничского монастыря, состоявшие из 200 десятин пахотной и сенокосной земли, 13 коров, 13 лошадей и другого скота, были переданы центральному рабочему кооперативу. Часть сестёр организовала при кооперативе трудовую артель. В 1919 г. в помещениях Буйничского монастыря разместился транспорт восьмой стрелковой дивизии, дислоцированной в Могилёве, в начале 1921 г. – свиноводческий совхоз. Однако, по воспоминаниям послушницы М. Орешковой, некоторые сёстры оставались в монастыре до 1929/1930 г. – времени окончательного закрытия обители. В феврале–марте 1928 г. в Буйничском монастыре жил Серафим (Самойлович). После 1930 г. в храмах монастыря размещались клуб и канцелярия колхоза, в годы немецкой оккупации богослужения были временно возобновлены; с 1948 г. в некоторых помещениях были устроены зернохранилища. Монастырские постройки не сохранились.