27 мая 2000 г. на Бутовском полигоне состоялось грандиозное богослужение под открытым небом, которое возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Были совершены Божественная литургия и панихида по убиенным – последняя перед их прославлением на архиерейском юбилейном Соборе РПЦ 2000 г. На юбилейном Соборе были канонизированы 120 человек, расстрелянных на Бутовском полигоне, за последующие годы число канонизированных Бутовских новомучеников удвоилось. Собор Бутовских новомучеников возглавляют шесть архиереев: Ленинградский и Гдовский митрополит Серафим (Чичагов), Можайский архиепископ Димитрий (Доброседов), Владимирский и Суздальский архиепископ Николай (Добронравов), Бежецкий епископ Аркадий (Остальский), Нижнетагильский епископ Никита (Делекторский), Велижский епископ Иона (Лазарев). На Бутовском полигоне было казнено много почитаемых иереев-священномучеников: братья Агафонниковы – Александр, Василий и Николай, Владимир Амбарцумов, Владимир Медведюк, Зосима Трубачёв, Иоанн Артоболевский, Сергий Лебедев, Сергий Махаев, Пётр Петриков и многие другие. Празднование Собору новомучеников, в Бутове пострадавших, установлено в одну из пасхальных суббот. Над погребальными бутовскими рвами ежегодно совершается торжественное богослужение, возглавляемое патриархом, в котором принимают участие десятки архиереев и сотни священнослужителей Москвы и Московской области, стекаются тысячи паломников. Документы архивов госбезопасности свидетельствуют о существовании в Москве и Подмосковье нескольких крупных захоронений жертв репрессий. С 1921 г. и до конца 1920 гг. расстрелянных хоронили в центре Москвы – на территории подведомственной ОГПУ Яузской больницы, в 1926–1936 гг. – на Ваганьковском кладбище, с 1936 г. – на Донском кладбище или кремировали в Донском крематории; есть свидетельства об отдельных захоронениях на Калитниковском, Гольяновском и Рогожском кладбищах, обнаружено массовое захоронение у стен Новоспасского монастыря. Очень большим, уступающим только Бутовскому полигону, является захоронение на территории бывшей дачи Генриха Григорьевича Ягоды, близ совхоза «Коммунарка» в Московской области (там были расстреляны более 6,5 тыс. человек). В настоящее время на этой территории располагается скит Екатерининского мужского монастыря в городе Видное-2 (в 1939–1953 гг. в постройках монастыря находилась секретная политическая тюрьма центрального подчинения «Сухановка»), освящён храм в честь Новомучеников и исповедников Российских.