После второго явления святого отрока он завершил написание иконы и, получив благословение архиепископа Савватия, отвез её в Чёрный Яр. Жители города встретили образ крестным ходом и возложили его на раку Боголепа Черноярского. Его память указана под 24 июля в Кайдаловских святцах конца XVII в. и в «Описании о российских святых» (списки конца XVII – XVIII в.). В первой четверти XVIII в. по святому отроку в Чёрном Яре совершались панихиды. В 1722 г. Пётр I, спускаясь на струге по Волге, приказал сделать остановку в Чёрном Яре и осмотрел могилу Боголепа Черноярского, после чего запретил петь панихиды над гробом святого и велел сравнять с землёй часовню над его могилой, была уничтожена и икона святого отрока, написанная священником Иоанном. 13 января 1723 г. последовал указ императора о переводе архиепископа Иоакима из Астрахани «в какую пристойно епархию викарием». Распоряжения царя были связаны с воспоминанием о восстании в Астрахани в 1705–1706 гг.: когда царские войска подошли к Чёрному Яру, бунтовщики-старообрядцы распространяли среди горожан мнение, что от царя-антихриста их защитит Боголеп Черноярский. С другой стороны, местное предание сообщает, что 17 июня 1722 г. Пётр I посетил Чёрный Яр и расспрашивал о святом отроке черноярского священника Афанасия, после чего велел петь над гробом панихиды и поминать его. Почитание Боголепа Черноярского не ослабевало, и, как полагают исследователи, во второй половине XVIII в. была совершена его местная канонизация. В 1736 г. на средства московского купца И.П. Красносёлова (Симонова) было начато строительство каменной Воскресенской церкви (освящена в 1750 г.) вместо старой деревянной. Во время строительства (в 1741 г.) часовню над могилой Боголепа Черноярского включили в придел нового храма, освящённый во имя св. мученика Иоанна Воина. О почитании Боголепа Черноярского в XIX в. свидетельствуют ряд чудес, записанных в то время (в списке Жития РГИА приводятся сведения более чем о 50 чудесах, совершившихся до 1860 гг.), и иконы с изображением Боголепа Черноярского, распространённые в Чёрном Яре и Астрахани. По мнению исследователей, не позднее первой половины XIX в. были составлены тропарь и кондак святому отроку, записанные на одной их астраханских икон того времени. Берег Волги, на котором находилась Воскресенская церковь, подмывало, и к середине XIX в., когда состояние храма стало угрожающим, из него унесли все святыни. В 1848 г. благочинный Чёрного Яра священник Ефрем Зорин по распоряжению архиепископа Евгения (Бажанова) безуспешно пытался обрести мощи Боголепа Черноярского. Часть храма, где находилась могила святого, весной 1849 г. обрушилась в Волгу. Жители Чёрного Яра рассказывали, что некий судовладелец, проплывавший ночью мимо города, видел двух мужей в светлых одеждах, уходивших из города. Это было истолковано как свидетельство того, что Боголеп Черноярский решил покинуть Чёрный Яр. Местная канонизация Боголепа Черноярского подтверждена включением его имени в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, празднование которого было установлено во вторую Неделю по Пятидесятнице определением поместного Собора РПЦ от 26 августа 1918 г.