В мае 1110 г., после 11 недель осады, им был захвачен и Бейрут, ставший самым северным владением королевства. В городе было учреждено латинское епископство, подчинявшееся Иерусалимскому латинскому патриарху, госпитальеры построили церковь св. Иоанна Крестителя (ныне это крупнейшая мечеть Джами аль-Умари). В 1180 гг. Бейрут подвергался нападениям Салах ад-Дина, стремившегося пробить брешь между государствами крестоносцев. В 1187 г. город был взят мусульманами, в 1197 г. отбит обратно иерусалимским королём Аймериком Лузиньяном и оставался в руках крестоносцев до конца XIII в. 21 июля 1291 г., уже после падения Акры, Бейрут сдался египетским мамлюкам. В мамлюкском султанате Бейрут был важным административным центром провинции Дамаск. Ценность Бейрута определялась, среди прочего, запасами железных руд и строевого леса в прилежащих районах. С конца XIII в. до конца XV в. городом управляли эмиры династии Бухтуридов из арабского племени Танух. Ливанские города в XIV в. находились в упадке – страна была опустошена мамлюками, побережью угрожали генуэзцы и каталонцы. В XV в. масштабы торговых операций с Кипром и итальянскими городами несколько увеличились, население выросло до 10 тыс. человек. Через Бейрут шли паломники в Иерусалим, в городе существовали венецианская колония и консульство. Христианское присутствие в городе сохранялось в течение всего Средневековья. Основными христианскими общинами были мелькиты (православные) и марониты, имевшие в городе своих архиереев. В общем русле расширения контактов Маронитской церкви с Римом в XV в. в Бейруте действовала миссия францисканцев – крупнейшая в Сирии. В 1516–1517 гг. Сирия была завоевана Османской империей. Бейрут, как и при мамлюках, остался в составе Дамасского вилайета (с 1660 г. – Сайдского вилайета). Городом управляли губернаторы, назначаемые Высокой Портой, но сохранявшие значительную автономию; иногда Бейрут переходил под контроль ливанских эмиров. В частности, в начале XVII в. он вошёл в состав владений эмира Фахр ад-Дина Маана, при котором пережил новый подъём, став одним из основных центров торговли ливанским шёлком и хлопком с Венецией и Францией. Спрос европейской текстильной промышленности на ближневосточное сырьё обеспечил в XVII–XVIII вв. значительное оживление сиро-ливанской экономики и процветание портовых городов. В ходе Русско-турецкой войны 1768–1774 гг. Бейрут в 1772 и 1773 гг. подвергался нападениям русского флота; во второй раз город был взят после продолжительной осады, и до конца войны там находился русский гарнизон. Согласно османским налоговым реестрам XVI в., христиане составляли 10-12% пятитысячного населения города. Православные и марониты имели здесь свои церкви и митрополитов. Православный архиерей носил титул «митрополит Бейрутский, пречестный, и экзарх Прибрежной Финикии». Православная община Бейрута играла заметную роль в жизни Антиохийской церкви, один из бейрутских митрополитов (Иоаким ибн Джума) стал Антиохийским патриархом (1543/1544 – 1576 гг.).