В заключительной части своего труда, в «софиологической эсхатологии», протоиерей наряду с православным учением он высказывает весьма спорные и ошибочные суждения, связанные с его специфическим пониманием Ипостаси Святого Духа, концепцией продолжающегося в мире кеносиса Иисуса Христа и Святого Духа и др. По мнению исследователей, несмотря на огромную эрудицию и искреннюю веру во Христа, протоиерею Сергию Булгакову не удалось построить цельное христианское богословское учение, в первую очередь, из-за отождествления христианских представлений о Премудрости Божьей с платоновским учением о душе мира, об Афродите Небесной и Афродите Простонародной (земной). В трилогии «О Богочеловечестве» не нашло ясного определения само понятие «Богочеловечество», протоиерей Сергий Булгаков относит его то к Богочеловеку, то к Софии, то к церкви, то к Царству Божию, то к историческому процессу. Его софиология была подвергнута вполне обоснованной критике митрополитом Сергием (Страгородским) в вышеупомянутом Указе, затем В.Н. Лосским в его комментариях («Спор о Софии»). О понимании протоиереем Сергием Булгаковым Богочеловечества и Богочеловека В.Н. Лосский писал: «Богочеловек для о. С. Булгакова не «сложная ипостась» двух природ, совершенный Бог и совершенный Человек в единстве личности, а нечто среднее – не Бог и не человек, носитель какой-то новой природы «Богочеловечества»». Митрофан Дмитриевич Муретов в книге «Новый Завет как предмет православно-богословского изучения» (1915 г.) термин «Богочеловечество» употребляет, главным образом, в выражениях «Богочеловечество Христа», «Богочеловечество Спасителя». Наряду с этим он пишет: «В организм человечества и всего космоса введено новое творческое начало нового исторического движения – к Богочеловечеству, или обожению человечества. Спаситель-Богочеловек является родоначальником нового человечества – цельного, безгрешного и бессмертного, Вождём его к предназначенной ему цели и Совершителем его спасения». Протоиерей Георгий Флоровский использует словосочетания «тайна Богочеловечества», «Богочеловеческая природа», «Богочеловеческое единство», но они имеют отношение к Богочеловеку и отличаются по содержанию от термина «Богочеловечество» с его устоявшимся в религиозно-философской литературе смыслом. В статье «Дом Отчий» протоиерей Георгий Флоровский пишет, что «только через халкидонский догмат и можно опознать богочеловеческую природу Церкви». В.Н. Лосский вообще не употребляет термин «Богочеловечество», считая его спорным. В его работах встречается другой термин – «богочеловечный», непосредственно образованный от слова «Богочеловек» и тесно связанный с ним по смыслу. В книге «Очерк мистического богословия Восточной Церкви» В.Н. Лосский пишет: «Церковь – богочеловечна, она обладает двумя природами и двумя нераздельно соединёнными волями: это соединение тварного с Богом, осуществлённое в Лице Христа». В Указе Московской патриархии митрополиту Литовскому и Виленскому Елевферию с осуждением софиологии протоиерея Сергия Булгакова тема Богочеловечества специально не упоминается. Как полагают исследователи, это связано с тем, что в трудах протоиерея Сергия Булгакова до его вынужденной эмиграции учение о церкви подробно не разрабатывалось, а позднее сочинение «Невеста Агнца» было издано уже в 1945 г.