Рассматривая «онтологические основания» Боговоплощения, которые, по мысли автора, должны прояснить основной его смысл, протоиерей Сергий Булгаков указывает на конечную цель Божественного Промысла – Бог должен «стать человеком, чтобы сделать человека богом», в сравнении с этой целью Искупление представляется ему частной промежуточной задачей. Этот взгляд он обосновывает тем, что «большее включает в себя меньшее». В книге «Утешитель» основными оказываются главы «Двоица Духа и Слова» и «Откровение Духа Святого». В учении о Святом Духе и Его отношении к Слову протоиерей Сергий Булгаков следует основным положениям книги «Агнец Божий», рассматривает Слово и Святой Дух в отношении к Божественной Софии («…обе ипостаси соединяются через самооткровение Отца в Божественной Софии нераздельно и неслиянно»); затем снова возвращается к проблеме творения мира из ничего, не учитывая, что основным препятствием для её решения является его собственное учение о Софии Божественной и тварной, отождествление мира с Софией тварной. В попытках «диалектически» разрешить эту проблему, по мнению исследователей, протоиерей Сергий Булгаков приходит к малоубедительным и спорным формулам: «Бог творит мир Софией и в Софии, и в смысле софийной своей основы мир – божественен, хотя в то же время небожественен в тварной самобытности своей». В учении об откровении Святого Духа он окончательно становится на кенотическую точку зрения, увязывает её с софиологией и пишет о трёх кеносисах в Божественной Софии: Бога Отца, Сына Божия и Святого Духа. В предисловии к «Невесте Агнца», заключительной книге трилогии, протоиерей Сергий Булгаков впервые раскрывает замысел всей трилогии и концепции Богочеловечества; он понимает Богочеловечество как учение, которое включает христологию, пневматологию, экклезиологию и эсхатологию. О «Невесте Агнца» он пишет: «…Тема этого труда есть учение о Церкви, экклезиология, понятая во всей её широте и глубине как софиология. Она необходимо включает эсхатологию…»; кроме двух тем (церкви и эсхатологии) остальные неоднократно обсуждались в трилогии, но протоиерей Сергий Булгаков вносит уточнения, иногда столь существенные, что они требуют нового обсуждения. Таким образом, он возвращается к подвергнутому критике учению о Софии как особой ипостаси в Пресвятой Троице (но в новой редакции: «Божественная София извечно ипостасирована Святой Троицей в её ипостасях. Ей свойственно ипостасное бытие, она его в себе предполагает», однако далее утверждается, что «выведенная из лона Пресвятой Троицы», она его утратила). Основополагающие положения протоиерея Сергия Булгакова о церкви расходятся со святоотеческим учением, их фундаментом в соответствии с определением экклезиологии как софиологии становится учение о Софии, из которого делается вывод о том, что «Церковь… «не основана» и не возникла во времени, она вечна вечностью Божией, ибо есть сама Божественная София, но вместе с тем… возникает, вернее, становится явной во времени или в истории»; здесь же, в разделе о церкви, протоиерей Сергий Булгаков воспроизводит несовместимое с православной точки зрения учение, привносящее муже-женственные характеристики в понимание Ипостасей Сына Божия и Святого Духа, в отношения между Богочеловеком Иисусом Христом и Церковью («Невестой Христовой»).