Вместе с тем внутри религиозно-философской системы В.С. Соловьёва складывается второе понимание Богочеловечества как Церкви. В.С. Соловьёв пишет: «Человечество, воссоединённое со своим божественным началом чрез посредство Иисуса Христа, есть Церковь…» – и определяет церковь как Тело Христово. Это положение В.С. Соловьёва о Церкви как Теле Христовом не равнозначно православному учению о Церкви как Теле Христовом и полноте Святого Духа; вместе с учениями о «предвечности» Богочеловека и душе мира, Софии Премудрости Божьей, оно составляет наиболее уязвимое место всей концепции Богочеловечества в «Чтениях о Богочеловечестве» и ставилось нередко в упрёк автору. Однако уже в «Духовных основах жизни» (1884 г.) главной темой в учении о Церкви оказывается тема Святого Духа. В.С. Соловьёв писал: «Церковь свята и божественна потому, что освящена кровью Иисуса Христа и дарами Духа Святого; то что прямо исходит от этого освящающего Церковь начала, божественно, непорочно, неизменно; дела же церковных людей, по человечеству, хотя бы и ради Церкви, исполняемые, представляют нечто весьма относительное и далеко не совершенное, а только совершенствующееся. Это есть человеческая сторона Церкви». В «Духовных основах жизни» церковь отождествляется с Богочеловечеством, а излюбленными формулами В.С. Соловьёва становятся «совершенный Богочеловек» и «совершенствующееся Богочеловечество». Хотя идея «совершенствующегося Богочеловечества» предполагала действие Бога и активность человека по осуществлению Царства Божия, эта концепция не согласуется с православным учением о Церкви, сотериологией и эсхатологией; в своей подоснове она имела в виду не народ Божий, а человечество как историко-социологическую категорию и была связана с характерными для этого периода жизни В.С. Соловьёва оптимистическими (и хилиастическими) представлениями о прогрессе и конце истории. Только этими соображениями исследователи объясняют «общий закон жизни для Церкви», выведенный В.С. Соловьёвым в книге «История и будущность теократии». В.С. Соловьёв писал: «Если Божество само по себе абсолютно неизменно, если человечество само по себе подвержено случайным изменениям, то Богочеловечество правильно развивается, т.е. ... возрастает не только по внешнему объёму, но и по внутренней полноте своих проявлений во всех сферах своего существования». Такое правильное развитие Богочеловечества, полагал В.С. Соловьёв, ведёт к достижению конечной цели человечества – Царства Божия, которое он понимал как победу над царством смерти, завершение приуготовительного исторического процесса. В сочинениях В.С. Соловьёва, написанных после «Духовных основ жизни», концепция Богочеловечества не претерпевает принципиальных изменений, она только расширяется вместе с новыми материалами и разрабатываемыми проблемами: в книге «История и будущность теократии» (1885–1887 гг.) в связи с проблемами теократии; в книге «Россия и Вселенская Церковь» (1889 г.) в связи со Вселенской Церковью как «тройственным богочеловеческим союзом» (священства, царства, пророчества); в книге «Оправдание добра» (1894–1897 гг.) в связи с проблемой свободы.