Августин Беа участвовал в разработке энциклики папы Пия XII «Divino afflante Spiritu» (1943 г.), решающей для истории развития католической экзегезы в XX в., в которой стало возможно применение историко-критического метода (содержание энциклики легло в основу Догматической Конституции второго Ватиканского собора «О Божественном откровении»). Под влиянием инструкции Папской библейской комиссии «De historica Evangeliorum veritate» («Об историчности Евангелий») от 21 апреля 1964 г., созданной при активном участии Августина Беа, Собором было принято решение по вопросу рецепции результатов анализа жанровых форм Евангелий и их историчности. Основы историко-критического метода в отношении текстов Нового Завета были изложены им в книге «Историчность Евангелия» («La storicità dei Vangeli», 1964 г.). Большую роль Августин Беа сыграл в развитии экуменического движения в Римско-католической церкви. Возглавил созданный в период подготовки второго Ватиканского собора в 1960 г. папский секретариат по содействию христианскому единству. Будучи его президентом, курировал вопрос о приглашении наблюдателей на Собор от некатолических церквей и церковных общин, проводил многочисленные встречи с представителями других церквей, а также Всемирного Совета Церквей в Женеве (февраль 1965 г.), с Константинопольским патриархом Афинагором I (апрель 1965 г.), с представителями Лютеранского всемирного союза, Англиканского содружества, Реформатского всемирного союза и методистами. Именно Августину Беа накануне закрытия второго Ватиканского собора папа Павел VI (1963–1978 гг.) поручил зачитать в соборе св. Петра бреве о взаимной отмене отлучения 1054 г. В 1969 г., в первую годовщину смерти Августина Беа, Ватиканом была учреждена премия его имени за деятельность в пользу мира, прогресса и социальной справедливости. В декабре 1981 г. Секретариат по единству христиан и Комиссия по отношениям с иудаизмом провели симпозиум, посвящённый столетию Августина Беа. Папа Иоанн Павел II (1978–2005 гг.), назвав Августина Беа «апостолом христианского единства», отметил его роль на втором Ватиканском соборе, особенно при подготовке документов об экуменизме, о религиозной свободе, об отношении католической церкви к нехристианским религиям.