В этой и других статьях И.С. Беллюстин утверждал, что благополучие общества определяется состоянием религии и церкви. Источником всех бед, по его мнению, явилось то, что христианство, став государственной религией, превратилось в «религию обрядностей и внешностей», тем самым утратив нравственное воздействие на общество. И.С. Беллюстин выступал за отделение церкви от государства, за демократизацию её устройства и свободу совести. В статье «Нравственное значение монастырей» (1872 г.) критиковал русское монашество, выступая за «правильное устройство» монастырей в соответствии со строгой идеей монашеской жизни «без всяких искажений». Кроме публицистики И.С. Беллюстин писал богословские и нравственно-назидательные сочинения. В книге «О церковном богослужении» (отдельно издана глава «О божественной литургии») разъяснял происхождение и смысл обрядов православной церкви. Вышедший двумя изданиями двухтомный труд И.С. Беллюстина «Вечерние беседы с крестьянами» содержал пастырские наставления на религиозно-нравственные темы (о семье, браке, обучении детей и т.д.). В статье «К вопросу о раскольниках» И.С. Беллюстин открыто заявил, что религия, заимствованная Русью из Византии, не является подлинным христианством, т.к. христианство несовместимо с насилием над совестью, с преследованием инакомыслия (в том числе религиозного раскола и сектантства). Газета за публикацию статьи получила предостережение, а Святейший Синод указом от 11 мая 1879 г. поручил епископу Тверскому Савве (Тихомирову) потребовать от И.С. Беллюстина объяснения по поводу статьи, воспретить ему священнослужение и обсудить вопрос о лишении его священнического сана. В 1880 г. началось следствие по «крамольной» статье, И.С. Беллюстину ставили в вину проповедь свободы совести и требование отделения церкви от государства. Указом Святейшего Синода от 8 апреля 1880 г. И.С. Беллюстину предписано дать объяснение по поводу его статей и признать в них «неправильности, искажение истины и вред». В объяснении И.С. Беллюстин признал «неправильности» и писал, что «в напечатании статей, если от них произошёл действительный вред для Церкви Христовой, раскаиваюсь, но искажение истины и ложные мысли, поскольку в них предполагается преднамеренное действие, отрицаю». В июне 1880 г. Святейший Синод, удовлетворённый объяснением, предписал Тверскому архиерею разрешить И.С. Беллюстину священнослужение, взяв с него письменное обязательство представлять в духовную цензуру все сочинения, касающиеся религии и церкви. До конца жизни И.С. Беллюстин находился под бдительным надзором, выступления в печати прекратил, лишь в 1882 г. опубликовал «Из заметок о пережитом».