Защитил магистерскую диссертацию «Церковная политика Византийских императоров в связи с так называемой “Акакианской схизмой” (484–519)», за исследование «О коллекции Авеллана» в Ленинградской духовной академии получил степень почётного доктора богословия. 5 октября 1962 г. утверждён в звании профессора богословия Ленинградской духовной академии по кафедре западных исповеданий. С 1972 г. – профессор Московской духовной академии по кафедре западных исповеданий, с октября 1982 г. в аспирантуре Московской духовной академии читал курс «Католичество». В 1987 г. в Ленинградской духовной академии и семинарии прочёл цикл лекций «Современное состояние экуменического движения и участие в нём православных Церквей». В июле 1956 г. В.М. Боровой выступил с докладом «Символы веры и Соборы» на возобновившихся собеседованиях богословов и церковных историков РПЦ и Англиканской церкви, проходивших в Москве, в Отделе внешних церковных сношений (ОВЦС). С 5 июня 1959 г. был сотрудником ОВЦС (с 28 августа 1960 г. по 15 февраля 1961 г. – заместителем председателя отдела, с 22 февраля 1963 г. по 23 июня 1966 г. – вторым заместителем председателя, с 15 декабря 1972 г. – консультантом, с 26 декабря 1984 г. по 14 ноября 1989 г. – заместителем председателя, со 2 октября 1997 г. – внештатным консультантом ОВЦС). 28 августа 1960 г. В.М. Боровой вошёл в состав учреждённой патриархом Алексием I Комиссии по межхристианским связям РПЦ (с 17 октября 1963 г. – Комиссия Священного Синода по вопросам христианского единства, в настоящее время – синодальная Богословская комиссия). В.М. Боровой был активным участником подготовки вступления РПЦ во Всемирный Совет Церквей (ВСЦ), проходившей во второй половине 1950 гг. По приглашению генерального секретаря ВСЦ доктора Вилема Адольфа Виссерт-Хуфта в июне-июле 1959 г. В.М. Боровой находился в Женеве с целью изучения деятельности и структуры Совета; в августе того же года был наблюдателем от РПЦ на заседании ЦК ВСЦ на острове Родос; в декабре участвовал в приёме в Москве первой официальной делегации ВСЦ, возглавляемой В.А. Виссерт-Хуфтом, с которым плодотворно сотрудничал. По инициативе Русской церкви на III Ассамблее ВСЦ (ноябрь 1961 г., Нью-Дели) в официальные документы Совета было внесено положение о том, что основой для единства различных христианских конфессий является исповедание Святой Троицы. Это предложение высказал и разработал В.М. Боровой.