В 1572 г. свою коллегию в Бордо основали иезуиты. Опираясь на них, архиепископ кардинал Франсуа д'Эскубло де Сурди принял здесь в начале XVII в. ряд мер по повышению дисциплины среди духовенства и развитию религиозной жизни. При нём в городе появились новые монашеские ордена и конгрегации: капуцины (1601 г.), босоногие кармелиты (1616 г.), урсулинки (1606 г.), возродились картузианцы (1609 г.). Кардинал был также видным политическим деятелем, участвовал в Генеральных штатах 1614 г., венчал французского короля Людовика XIII (1610–1643 гг.) с Анной Австрийской (1615 г.). Его преемники также были тесно связаны с королевским двором. В 1762 г. парламент Бордо принял решение об изгнании иезуитов (ещё до роспуска ордена папой Климентом XIV (1769–1774 гг.) в 1773). События Французской революции поначалу не затронули всерьёз католическую церковь Бордо, где находился центр жирондистского движения. Архиепископ Шампьон де Сисе даже был хранителем печати при первом революционном правительстве (1789–1790 гг.). Декрет об упразднении монастырей (февраль 1790 г.) был приведён в исполнение в Бордо только в апреле 1791 г., когда архиепископ был вынужден бежать в Лондон. В 1792 г. все церкви города были закрыты и обращены в «храмы Разума» (культа, введённого членом Парижской коммуны Жаком-Рене Эбером), большинство священников были арестованы, многие казнены. После переворота 9 термидора была восстановлена «конституционная» церковь во главе с Пьером Пакарё, однако церковь св. Михаила осталась храмом Победы. После конкордата Наполеона I (1801 г.) архиепископом был избран Франсуа дез Авьё дю Буа, который восстановил церкви и реорганизовал систему приходов. Согласно конкордату, границы архиепископства Бордо совпали с границами департамента Жиронда, архиепископ сохранял статус митрополита над епископствами Ангулем, Ажен, Ла-Рошель, Перигё, Пуатье. В 1937 г. архиепископу Бордо было подчинено также епископство Базас. В настоящее время из 1288 тыс. человек, проживающих на территории архиепископства Бордо, около 966 тыс. – католики. В Бордо состоялись следующие церковные Соборы. В 384 г. – Собор галльских и испанских епископов, созванный по инициативе императора Магна Максима (383–388 гг.) для разрешения вопроса о ереси Присциллина; представлявший сторонников отсутствовавшего Присциллиана епископ Инстанций был низложен; радикальные противники присциллианизма епископы Гидаций Эмеритский и Итаций Оссонобский добились осуждения присциллианизма и требовали от имперской власти строго наказать еретиков, в то время как умеренные во главе с Мартином Милостивым, епископом Турским, считали достаточным ограничиться церковным осуждением ереси; акты Собора не сохранились, о его ходе известно по хроникам Сульпиция Севера и Гидация. Между 662 и 675 гг. – общеаквитанский Собор, в котором приняли участие три митрополита (императора Магна Максима (Бурдигальский), Битуригский и Элузский) и 13 епископов; заседания происходили в крепости Модогарн на реке Гарумна (современный Гаронна); было принято четыре канона, запрещающих клирикам носить мирскую одежду.