В 848 г. норманнам удалось захватить и разграбить город; граф Вильгельм попал в плен, но смог бежать. В 864 г. норманны до основания разорили Бордо и близлежащие монастыри и убили графа Арнольда. В результате норманнских нападений были полностью уничтожены старые городские укрепления, однако до конца X в. Бордо оставался резиденцией епископа и графа, к концу IX в. ставшего фактически независимым правителем. Возрождение города связано с именем графа Вильгельма Доброго (977–988 гг.), восстановившего монастырь Сент-Круа. После смерти Вильгельма, принадлежавшего к Гасконскому дому, Бордо попал под непосредственный контроль графов, впоследствии герцогов Гаскони, которая в 1058 г. была объединена с герцогством Аквитания. При герцогах Вильгельме VIII и Вильгельме IX в Бордо были восстановлены древние церкви; в 1096 г. папа Римский Урбан II (1088–1099 гг.) освятил перестроенный собор св. Андрея. В XI в. увеличились церковные земельные владения, принадлежавшие архиепископу, соборам св. Андрея и св. Северина и аббатству Сент-Круа; капитул собора св. Андрея получил право чеканить монету для герцогства Гиень. Управление городом осуществлял назначаемый герцогом прево, которому приходилось делить власть с архиепископом и соборным капитулом. После Собора 1080 г. папский легат Амат из Олорона, впоследствии епископ Бордо, провёл церковную и монастырскую реформу; по его инициативе св. Герхард из Корби основал в предместье Бордо монастырь Сов-Мажёр, ставший одним из значительнейших аббатств Южной Франции. Епископы и архиепископы Бордо до конца XI в.: Ориенталис (314 г.); Дельфин (380–404 гг.); Аманд (404–410 гг.); Северин (410 – после 420 гг.); Аманд, вторично (после 420 г.); Галлициан (после 451 – после 466 гг.); Амелий (после 475 г.); Киприан (485–511 гг.); Леонтий I (после 520 г.); Леонтий II (549–574 гг.); Бертрам (574 – после 584 гг.); Годегизил (589 г.); Никасий, Арнегизил, Антоний, Фронтон, Веревульф (все VII–VIII вв.); Сикарий (816 – после 825 гг.); Адальхельм (829 – после 848 гг.); Фротарий (860–876 гг.); Альдеберт (после 940 г.); Годфрид I (после 982 г.); Гомбальд (после 989 г.); Сегуин (после 1000 г.); Арно Акций (до 1022 г.); Излон Сентский (1022–1026 гг.); Годфрид II (1027–1043 гг.); Архимбальд (1047–1059 гг.); Андрон (1059 г.); Госцелин (1060–1086 гг.); Амат (1086–1102 гг.). В 1137 г. в Бордо состоялась церемония бракосочетания между королём Франции Людовиком VII (1137–1180 гг.) и Алиенорой, единственной наследницей аквитанских герцогов. Их развод и вторичный брак Алиеноры с Генрихом Плантагенетом, ставшим в 1154 г. королём Англии, привели к тому, что Бордо оказался под властью английских королей (в 1294–1304 гг. Бордо ненадолго вернулся под власть Франции). В 1362–1372 гг. Бордо был столицей владений сына Эдуарда III Вудстокского (Чёрного Принца). Во время Столетней войны (1337–1453 гг.) Бордо, имевший тесные экономические связи с Британскими островами, оставался оплотом англичан на юге Франции. Город стал французским владением лишь после окончания войны. Влиятельная городская община сложилась в Бордо в середине XII в. и в 1206 г. получила официальное признание английского короля, которого представляли в городе назначаемые им сенешаль и коннетабль.