Несмотря на то, что вестготы были арианами, на первых порах это не отражалось на положении церкви; лишь в конце V в. борьба короля Эвриха против империи повлекла за собой гонения на кафолических епископов и пресвитеров. Епископ Галлициан был изгнан из города, и до 485 г. местная кафедра оставалась незамещённой. Тем не менее, общественная и политическая жизнь Бордо сохраняла формы, сложившиеся в предшествующем столетии. По сообщению Сидония Аполлинария от 476 г., в городе по-прежнему действовала риторическая школа, где велись научные диспуты. В начале VI в. культурная жизнь пришла в полный упадок, но торговля продолжала процветать, хотя и в меньших масштабах, здесь действовали торговые конторы и фактории восточных купцов. К тому же времени относится первое упоминание о существовании иудейской общины в Бордо. В 507 г. король франков Хлодвиг завоевал Аквитанию, и Бордо стал пограничным городом Франкского королевства. О развитии христианской жизни в городе свидетельствуют многочисленные погребальные памятники, большинство из которых восходит к VI–VII вв. К этому времени в Бордо уже было построено несколько храмов, наиболее значительными в пределах городских стен были церкви св. Андрея и св. Петра. При церкви св. Андрея, видимо, являвшейся кафедральным собором, был небольшой некрополь, действовавший, по мнению исследователей, с V в. (первые упоминания о самом храме относятся к 814 г.). В предместье не позднее начала VI в. возникли церкви св. Стефана и св. Северина (некрополь последней, использовавшийся в VI–XVIII вв., был вторым по значимости в Галлии). В конце VI в. епископ Леонтий II выстроил пригородную церковь св. Мартина, тогда же в Бордо возник первый мужской монастырь, который, исследователи идентифицируют со знаменитым впоследствии аббатством Сент-Круа (Святого Креста), расположенным к югу от города, здесь также был некрополь, ранние памятники которого восходят к началу VII в. В 629–632 гг. Бордо вошёл в состав королевства Аквитания, созданного королём Дагобертом для своего брата Хариберта. Позднее майордом Нейстрии Эброин включил Бордо в созданный им на юге Аквитании принципат (княжество) с центром в Тулузе. После 676 г. второй правитель этого образования Луп принял титул принцепса Аквитании и освободился от власти франкских королей. Его династия правила до 768 г., когда Пипин III Короткий (714–768 гг.) вернул эти земли вместе с Бордо под власть Франкского государства. Окончательно они были присоединены к королевству франков Карлом Великим, который учредил в Бордо графство (между 778 и 781 гг.), пользовавшееся значительной самостоятельностью. В 732 г. вторгшиеся из Испании мусульмане во главе с вали Абд-ар-Рахманом нанесли поражение принцепсу Одону и разграбили Бордо и монастырь Сент-Круа. Город был окончательно восстановлен лишь при назначенном Карлом Великим графе Сегуине I (778/781 – 816 гг.). Епископ Сикарий (816 – около 825 гг.) в соответствии с постановлением Аахенского собора (817 г.) ввёл общежительный устав для соборных клириков (каноников). В 845 г. графство подверглось нападению норманнов, взявших в плен и убивших графа Сегуина II.