Однако в том же году протестантская армия графа Монтгомери захватила город, разграбив резиденцию архиепископа и частично кафедральный собор. Управляющим в Бурже был оставлен Жан д'Анже, по приказу которого было разграблено и закрыто аббатство св. Сульпиция. После подхода к Буржу королевских войск и бегства д'Анже в Орлеан в 1563 г. католики Буржа наложили на побеждённых гугенотов контрибуцию за причинённый ущерб церковной собственности. После возобновления боевых действий между католиками и гугенотами, в 1567 г., группа гасконцев, которая шла на соединение с армией гугенотов принца Конде и адмирала Гаспара Колиньи, разгромила несколько католических монастырей. 18 мая 1568 г. буржский архиепископ Жак Леруа взял с католиков города клятву, что они будут бороться с гугенотами, не щадя собственной жизни. Во главе католической армии находился новый правитель Берри Клод де Ла Шатр. Воевавший на стороне гугенотов отряд немецких ландскнехтов разорил ещё три монастыря архиепископства; но попытка гугенотов захватить Бурж окончилась неудачей (ноябрь 1569 г.). Заметных успехов католическая партия добилась после Варфоломеевской ночи 1572 г., большое количество гугенотов в Бурже были арестованы и заточены в архиепископскую тюрьму, около 300 человек согласились перейти в католичество, остальные были казнены. В 1573 г. армией католиков был захвачен Сансер. В 1575 г. король Генрих III (1574–1589 гг.) передал Берри под управление своему брату Франциску, герцогу Алансонскому, который, пытаясь установить там мир между католиками и протестантами, снял с поста правителя Берри Ла Шатра. Впрочем, после смерти герцога Алансонского Ла Шатр вновь вернулся в Бурж и склонил его жителей на сторону католической Лиги. Когда король Генрих III приказал сменить его на посту губернатора Антуану де Ла Гранж д'Аркьян, Ла Шатр призвал всех членов Лиги, во главе которой был архиепископ Рено де Бон, к сопротивлению. Архиепископ, не намереваясь вступать в открытую борьбу с королём, бежал из Буржа. После убийства Генриха III (1589 г.) сторонники католической Лиги стремились всячески не допустить признания Генриха Наваррского королём Франции (см. Генрих IV), с этой целью в кафедральном соборе была вывешена булла папы Григория XIV (1590–1591 гг.) об отлучении того от церкви. После отречения Генриха Наваррского от протестантской веры, которое состоялось в аббатстве Сен-Дени в присутствии в числе многих и архиепископа Буржа (1593 г.), вся область Берри признала его королём.