Согласно Буржской Прагматической санкции, автономия галликанской церкви слагалась из прав духовенства на выборы прелатов (за папой, лишённым возможности назначать церковных иерархов во Франции, было сохранено право утверждать решения французского духовенства), на раздачу бенефициев и на согласование аннатов (денежные суммы могли выплачиваться папе Римскому только с согласия духовенства, что фактически означало освобождение от аннатов). Буржская Прагматическая санкция лишала папу права вознаграждать прелатов по особому распоряжению. В судебной сфере галликанская церковь была подчинена Парижскому парламенту, высшему судебному учреждению во Франции, он брал на себя полномочия посредника между французским духовенством и папским престолом, определял допустимость обращения в Римскую курию, сохранившую функции апелляционного суда. Гарантом церковной автономии выступал монарх, который мог рекомендовать (а фактически навязывать) своих кандидатов на церковные кафедры и созывать Соборы французского духовенства. В целом учреждение статуса автономии галликанской церкви от Рима под покровительством французской монархии было итогом политики, направленной на расширение прерогатив королевской власти. Размеры финансовых потерь из-за отказа галликанской церкви выплачивать аннаты в Рим побуждали папство добиваться отмены Буржской Прагматической санкции. Папа Пий II (1458–1464 гг.) в буллах 1458 и 1464 гг. обвинил французских королей и их придворных в том, что они распоряжаются церковными бенефициями в своих интересах, Парижский парламент вмешивается в исключительно церковные дела, и французские прелаты якобы превращены в рабов светской власти. Отмене условий Буржской Прагматической санкции были посвящены и буллы пап Сикста IV (1484 г.), Иннокентия VIII (1484, 1492 гг.), Александра VI (1502 г.), Юлия II (1503, 1513 гг.). В 1461 г. французский король Людовик XI (1461–1483 гг.), заинтересованный в сближении с папством, поскольку основным направлением внешней политики Франции стала Италия, приостановил действие Буржской Прагматической санкции. Окончательно она была отменена Болонским конкордатом 1516 г., но ряд положений Буржской Прагматической санкции был в нём учтён.