Бенефициарий имел право только на одно пожалование; был введён запрет на передачу прелатом своего пожалования по собственному усмотрению, возможность пересмотра владельческих прав бенефициариев, вплоть до их изъятия у нарушителей, оставалась за монархом. Папский престол также восстановил своё право на сбор аннатов, отнятое у него Прагматической санкцией, без согласования с французским духовенством (эта договорённость не отражена в тексте Болонского конкордата, но папской буллой от 1 октября 1516 г. было подтверждено подчинение французского духовенства папе в сборе аннатов). За папой сохранялось право быть верховной судебной и апелляционной инстанцией. Действие Болонского конкордата, имевшего силу только на территории французского королевского домена, некогда подчинённого Прагматической санкции, распространялось на 14 архиепископств и 100 епископств Франции. Конкордату не подчинялись Прованс, Бретань, три лотарингских герцогства (Мец, Туль и Верден), независимые от короны Авиньон и Ницца и Вьен, принадлежавший герцогу Савойскому. Болонский конкордат окончательно утвердил принцип договорных отношений между папой и монархом, была упразднена церковная автономия, галликанская церковь обрела статус двойной зависимости, от монарха и от Римского престола. Конкордат затронул интересы Парижского парламента, высшего судебного учреждения во Франции, лишившегося роли посредника в спорных делах между французским духовенством и Римом. Одновременно с этим, санкционируя право монарха назначать своих кандидатов на церковные кафедры, Болонский конкордат лишал самостоятельности Парижский университет, потерявший право на те церковные бенефиции, которые предназначались для наделения выпускников университета. И парламент, и университет опротестовали Болонский конкордат, отказавшись его утвердить и потребовав обязательного обсуждения текста договора ассамблеей духовенства и другими парламентами. Борьба против утверждения Болонского конкордата продолжалась больше полугода (с августа 1516 г. по май 1517 г.). Чтобы заставить Парижский парламент утвердить франко-римское соглашение, Франциску I пришлось прибегнуть к своему исключительному праву личного присутствия (франц. lit de justice – ложе правосудия). В ответ на это папской буллой 1518 г. монарх был объявлен покровителем и защитником конкордата. Болонский конкордат действовал до 1790 г.