Между 21 мая и 1 ноября 1836 г. были построены под руководством зодчего Константина из Пештеры (им также построены церковь св. Параскевы в городе Троян, соборный храм Троянского монастыря и др.) западные трёхэтажные покои, на месте временной глинобитной – монастырская церковь во имя Пресвятой Богородицы. Высокая, просторная трёхапсидная трёхкупольная каменная церковь (10х22 м) с открытым украшенным аркадой нартексом является памятником архитектуры периода болгарского возрождения. Спустя два года неизвестным мастером (как полагают исследователи, принадлежащим Тревненской школе) были пристроены открытый притвор с западной стороны церкви и балдахиновый портик над северным входом. Стены и карнизы храма украшены каменными рельефами. Западная стена (снаружи), купол и своды нартекса покрыты самобытными росписями (композиция «Страшный Суд», сцены из Апокалипсиса, Богородица с Младенцем, фигуры апостолов и святых), созданными, согласно надписи над входом в храм, в 1869 г., при игумене Севастиане, А.Х. Кирчевым (Варским) из Калофера, но по неизвестной причине оставшимися незавершёнными. В куполе притвора на севере изображён Бог Саваоф со сценами из «Шестоднева», а по сторонам композиции на любимую тему Захария Зографа (1810–1853 гг.) «Колесо жизни». В 1860–1868 гг. был расписан центральный купол, ниши окон и часть алтарного пространства, где указаны имена ктиторов. Сохранился резной ореховый иконостас, созданный в 1840 гг. мастерами Н. Матеевым и его сыном из Ново-Села (Троянского округа). Иконостас имеет традиционную композицию из 12 вертикальных колонн. Особенно пышно украшены царские врата; виртуозно вырезаны, обвиты растениями, населёнными птицами, дощечки, круглые рамки и колонки под иконы. Архитрав на этом условном фасаде состоит из резного фриза (лозницы) и двух рядов икон с изображениями праздников и апостолов. В росписи иконостаса приняли участие живописцы тревненской иконописной школы Ц. Захариев Старший, его сын З. Цанев и А. Минчев из Батошева. Стиль резьбы иконостаса считается высшим достижением местных резчиков середины XIX в. Первым игуменом возобновлённого Батошевского монастыря стал хаджи Макарий (Троянский; 1836–1844 гг.), возглавивший братию из 16 монахов. В середине XIX в. в монастырское хозяйство входило около 700 десятин нив, огородов и заливных лугов. Батошевский монастырь являлся одним из важных центров просвещения периода болгарского возрождения, при нём была открыта школа. Османские власти считали Батошевский монастырь убежищем повстанцев, монастырский священник Каллиник был ими схвачен и обезглавлен, игумена Давида пытали в резиденции турецкого правителя в Севлиеве. При подавлении Апрельского восстания 1876 г. монастырь 9 мая был подожжён. После освобождения Болгарии от османского владычества сгоревшие монастырские строения были восстановлены. В 1970 г. Батошевский монастырь был объявлен памятником национальной культуры, здесь хранятся Постная Триодь 1752 г., отпечатанная в России, и монастырский Кондик, начатый в 1839 г. при возобновлении монастыря. В настоящее время братию монастыря составляют два монаха.