Так, в 1947 г. были организованы подготовительные курсы для будущих христианских молодёжных лидеров, где вели занятия преподаватели Православного Богословского института преподобного Сергия в Париже протоиерей Георгий Флоровский и Павел Николаевич Евдокимов, несколько позже курс лекций читал католический теолог Ив Конгар. С 1951 г. экуменический институт в Боссе был приписан к факультету протестантской теологии Женевского университета, некоторые члены французской экуменической монашеской общины Тезе посещали Боссе с курсами лекций и беседами о христианском единстве. В 1958 г. в штат преподавателей был принят молодой греческий богослов Никос Ниссиотис, ставший вскоре директором института. В 1980–1988 гг. в экуменическом институте в Боссе преподавал Дан-Илие Чоботя, ныне Даниил, архиепископ Ясский, митрополит Молдовы и Буковины (Румынская православная церковь). Работа экуменического института в Боссе, в основном, направлена на подготовку кадров для экуменической деятельности, поэтому большое внимание уделяется практическим дисциплинам, совместной общинной жизни и молитве. Институт был задуман как «лаборатория экуменического движения», и поэтому его спецификой оказалась работа по преимуществу с мирянами различных христианских церквей; планируется на базе института создать условия для развития межрелигиозного диалога, с этой целью регулярно проводятся встречи, семинары и конференции религиозных деятелей со всего мира. Совместно с ВСЦ осуществляется публикация экуменической литературы. Ежегодно институт проводит две сессии высшей школы, совместно с факультетом протестантской теологии Женевского университета осуществляет подготовку студентов для защиты диссертаций на степень «магистр экуменизма», предполагается начать приём документов на степень «доктор философии». Начата полная реконструкция комплекса зданий Боссе, в планах института построить новую библиотеку, многократно увеличить её фонд, приблизить условия проживания студентов к европейским университетским стандартам. В экуменическом институте в Боссе в разное время обучались будущие митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков; 1960 г.), митрополит Винницкий и Могилёв-Подольский Макарий (Свистун; 1968 г.), архиепископ Красноярский и Енисейский Антоний (Черемисов; 1973–1975 гг.), архиепископ Петрозаводский и Карельский Мануил (Павлов; 1977–1978 гг.), епископ Пермский и Соликамский Иринарх (Грезин; 1987–1988 гг.). Директоры экуменического института в Боссе: Хендрик Кремер (Нидерланды) и Сюзанна де Дьетриш (Франция; 1946–1955 гг.), Ханс-Генрих Вольф (ФРГ; 1955–1966 гг.), Никос Ниссиотис (Греция; 1958–1974 гг.), Джон Мбити (Уганда; 1974–1980 гг.), Карл Х. Херц (США; 1978–1983 гг.), Адриаан Геензе (Нидерланды; 1983–1989 гг.), Сэмюэл Амиртхам (Индия; 1989–1990 гг.), Жак Николь (Швейцария; 1989–1996 гг.), Хейди Хэдсел-ду Насименту (США; 1997–2001 гг.), протоиерей Иоанн Саука (Румыния; с 2001 г.).