Синод Белорусского экзархата осуществляет наблюдение за деятельностью духовных школ и планирует подготовку кадров духовенства; назначает управляющего делами Экзархата, который по должности является секретарём Синода. В его обязанности входят подготовка материалов к заседанию Синода и составление журналов заседаний. Синод Белорусского экзархата одобряет бюджет Экзархата, сметы расходов его учреждений и соответствующие финансовые отчёты. Экзарх созывает Синод Белорусского экзархата и председательствует на нём, а также представляет Белорусский экзархат в Священном Синоде РПЦ на правах его постоянного члена. На экзарха возложены обязанности по поддержанию единства епископата Белорусского экзархата и наблюдению за выполнением архиереями Белорусского экзархата своих архипастырских обязанностей. В необходимых случаях экзарх может разрешать недоразумения, возникающие между архиереями, не прибегая к формальному судопроизводству; осуществляет полномочное представительство перед государственными властями Беларуси по всем вопросам, которые касаются деятельности Белорусского экзархата. Другое официальное наименование Белорусского экзархата – «Белорусская Православная Церковь». В Белорусском экзархате действует Департамент внешних связей, учреждённый 21 марта 1995 г. указом митрополита Минского и Слуцкого, Патриаршего экзарха всея Беларуси Филарета. Задачами департамента являются координация социальных программ в масштабе Белорусского экзархата, помощь церковным приходам, монастырям, духовным учебным заведениям в деле строительства и реставрации храмов, в содержании духовных школ, в строительстве и обустройстве социальных и просветительских учреждений, в организации благотворительной помощи. Департамент осуществляет хозяйственную деятельность, имеет право устанавливать деловые связи с белорусскими и иностранными предприятиями и фирмами в соответствии с каноническим правом православной церкви и законодательством Беларуси. Возглавляет департамент управляющий, связь между департаментом и Белорусским экзархатом осуществляет координационный Совет во главе с председателем. Под эгидой Белорусского экзархата 1 октября 1993 г. в Европейском гуманитарном университете (Минск) создан богословский факультет им. святых Мефодия и Кирилла, который 21 июня 1995 г. переименован в факультет теологии им. святых Мефодия и Кирилла в связи с открытием в Беларуси специальности «Теология». Декан факультета – митрополит Минский и Слуцкий, Патриарший экзарх всея Беларуси Филарет. Факультет теологии готовит специалистов в области православного богословия, истории церкви, современного религиоведения. С октября 2001 г. открыта магистратура по специальности «Теология».