Князь Андрей Михайлович Курбский сообщает, что «по убиении» митрополита Филиппа «не токмо многих клириков, но и нехиротонисанных мужей благородных сколько сот помучено разными муками и погублено»; о казни «советников и приближённых митрополита» свидетельствуют также опричники Таубе и Крузе. Однако, несмотря на казни, в одном из актов 1598 г. Патриаршим боярином по-прежнему значится представитель рода Фоминых – Иван. После восшествия на царский престол Михаила Фёдоровича Патриаршие бояре стали назначаться исключительно государевыми указами из царских думных чинов, число бояр, по-видимому, уменьшилось в сравнении с XVI в. Так, ко двору патриарха Филарета царь назначил своих бояр князя Владимира Тимофеевича Долгорукого и князя Андрея Вавильевича Хилкова (в официальных документах они назывались Патриаршими боярами или боярами «Патриархове дворе у духовных дел»). Боярином у патриарха Филарета также служил московский дворянин Иван Александрович Колтовский, после его смерти – Семён Васильевич Колтовский. Знаком особого благоволения со стороны царя Алексея Михайловича к патриарху Никону было назначение в ноябре 1652 г. Патриаршим боярином лица высокого ранга – окольничего Никиты Алексеевича Зюзина, а также московского дворянина Бориса Ивановича Нелединского. У других патриархов боярами были лица низких думных чинов. Так, при патриархе Иосифе в 1640 гг. боярином числился московский (позже думный) дворянин Василий Осипович Янов. В 1660–1670 гг. Патриаршими боярами были московский дворянин Никифор Михайлович Беклемишев, стряпчий Иван Фёдорович Лызлов, думный дворянин Тимофей Петрович Савёлов. И наконец, при патриархе Адриане – думный дьяк Прокопий  Богданович Возницын. 16 декабря 1700 г. указом царя Петра I Патриарший разряд, где служили Патриаршие бояре, был упразднён, все служилые люди архиереев были взяты на государеву службу. В XIV–XVI вв. бояре состояли в подчинённости и подсудности митрополита. До начала XV в. бояре и слуги митрополита во главе с митрополичьим воеводой должны были участвовать в военных походах в составе великокняжеского войска. По договору великого князя Василия Дмитриевича с митрополитом Киприаном этот порядок был изменён для тех, кто «приказался ново митрополиту». Новоназначенные бояре и дети боярские шли на войну в составе войска великого князя «под воеводою» великого князя («где который живёт, ин под тем воеводою и есть»). В мирное время, выполняя поручения митрополита, бояре участвовали в разделе земель митрополичьего дома и земель других собственников, совершали от имени митрополита земельные сделки или выступали свидетелями («послухами») при их совершении.