В мае 1942 г. он присутствовал на «соборе» автокефалистов – сторонников Сикорского в Луцке, где были приняты решения «возвести в сан митрополита» Сикорского, принимать липковцев «в сущем сане» и найти пути примирения с автономной церковью (что, однако, не произошло). Вернувшись из Луцка, Ф.И. Булдовский приступил к подготовке своего «собора» – «первой сессии синода», главным вопросом которого должна была стать борьба с «большевизмом в церкви, распространяемым Московским митрополитом Сергием и бывшим Киевским митрополитом Николаем (Ярушевичем)». «Сессия» не состоялась, поскольку не было получено разрешение властей на её проведение. 1 декабря 1942 г. Ф.И. Булдовский составил «Послание к архипастырям, пастырям и верующим православной Церкви на Украине», в котором доказывал невозможность вторичного рукоположения и будто бы вытекавшую из этого необходимость принимать «липковцев» в сущем сане. 8 декабря 1942 г. Сикорский направил Ф.И. Булдовскому письмо, которым передал ему права администратора на Левобережной Украине. Он также дал ему указание немедленно направить в главные города Левобережья епископов-автокефалистов в связи с тем, что немцы предполагали оставить в каждом губернаторстве одного епископа: автономного либо автокефального. В первый день освобождения Харькова, 16 февраля 1943 г., Ф.И. Булдовский пригласил к себе группу советских военнослужащих, которым подробно рассказал о своей деятельности в годы оккупации. Сначала советское командование отнеслось к нему благожелательно, был арестован лишь Александр Кривомаз, открыто работавший на гестапо. В августе 1943 г. Ф.И. Булдовский получил от митрополита Николая (Ярушевича) запрос о зверствах оккупантов и вскоре направил необходимые сведения на имя митрополита Николая, экзарха всея Украины. В сопроводительном письме Ф.И. Булдовский писал, что пытался ранее установить связь с Московской патриархией и просил патриарха Сергия о принятии в свою юрисдикцию. 9 ноября Ф.И. Булдовский получил телеграмму с вызовом в патриархию. На следующий день он отправил митрополиту Николаю покаянное письмо, в котором, испрашивая прощения за свои ошибки, тем не менее, утверждал, что в «Постановлении 13-ти» много неправды и он (Ф.И. Булдовский) не был никогда «ни шовинистом, ни автокефалистом, ни карьеристом». Ф.И. Булдовский собирался выехать в Москву, но 12 ноября был арестован, скончался во внутренней тюрьме УНКГБ.