В 1940 г., после смерти А. Эрхарда (автора раздела «Богословие» в труде Карла Крумбахера «История византийcкой литературы», 1897 г.), Х.Г. Беку было предложено написать отдельную монографию по истории византийского богословия. Он активно стал заниматься этим проектом с 1951 г., а в 1959 г. увидел свет его фундаментальный труд «Церковь и богословская литература в Византийской империи», не утративший своего значения и по сей день. В отличие от очерка об отдельных жанрах богословской литературы А. Эрхарда книга Х.Г. Бека содержит самостоятельные части, посвящённые «имперской Церкви» и её организации, литургии (в её сирийском, египетском и константинопольском вариантах) и агиографии, богословию византийцев (на основных этапах его эволюции) и собственно истории богословской литературы византийцев. Обращаясь в этой работе к истории богословской науки, Х.Г. Бек подчёркивал, что «вклад (России) в богословскую византинистику в это время (XIX – начало XX вв.) много значительнее, чем это повсеместно допускается». Книгу «История православной Церкви в Византийской империи» (1980 г.), объединившую в существенно переработанном виде опубликованные им в 1962–1973 гг. византийские разделы «Справочника по истории Церкви», отличают от предшествующих трудов Х.Г. Бека не только изменение ряда оценок конкретных событий и персонажей, но и эволюция в понятийном аппарате (например, переход от искусственного понятия «византийская Церковь» к понятию «православная Церковь в империи», отказ от определения «Великая схизма 1054 г.» в пользу представления о том, что «формальный раскол между двумя церквами едва ли может быть констатирован» в 1054 г.). В круг научных интересов Х.Г. Бека входили и отдельные темы, связанные с историей церкви и богословием, отразившиеся в статьях о монашеской хронике (1965 г.), «О Церкви и клире в государственной жизни Византии» (1966 г.), «Образование и богословие в раннесредневековой Византии» (1966 г.), о политических нормах византийского миссионерства (1967 г.), в докладах, прочитанных на заседаниях Баварской Академии Наук, о соотношении византийской иконы с православным богословием и народным благочестием (1975 г.), о проповедях Григория Богослова (1977 г.), «Византийцы и их потусторонний мир» (1979 г.). Занимаясь богословской и церковно-исторической проблематикой, Х.Г. Бек не избегал нетрадиционной постановки известных в науке вопросов и обращения к темам, казавшихся маргинальными, как это было в случае с его последней книгой «Об обхождении с еретиками: вера простых людей и власть богословов» (1993 г.).