При нём в Богородицке открылись пансион для благородных детей и волостное училище для крестьян. В 1778–1779 гг. он издавал экономический журнал «Сельский житель», в 1780–1789 гг. – «Экономический магазин», печатавшийся в типографии и на средства Николая Ивановича Новикова (1744–1818 гг.), с которым А.Т. Болотов познакомился в Москве в 1779 г. К Н.И. Новикову, публиковавшему его сочинения, А.Т. Болотов относился с симпатией, однако на попытки привлечь его в масонское общество отвечал решительным отказом. О своём отношении к масонству он писал, что испытывал «отвращение как от сего ордена, так и от всех других подобных тому тайных связей и обществ». Журналы (как и сочинения) А.Т. Болотов печатал анонимно, хотя являлся вместе с сыном Павлом переводчиком и автором материалов. «Экономический магазин» содержит свыше 4 тыс. статей по земледелию, лесоводству, садоводству, минералогии, фармацевтике и другим областям практических знаний. А.Т. Болотов получил европейскую известность, в 1794 г. был избран почётным членом Саксонского королевского экономического общества в Лейпциге. В 1796 г., после смерти императрицы, вышел в отставку и в начале 1797 г. вернулся в Дворяниново, где до конца жизни занимался научными и литературными трудами. Среди его многочисленных начинаний были организация первого в России детского театра и впервые применённый метод лечебной физиотерапии (описан в его книге «Краткие и на опытности основанные замечания о електрицизме и о способности електрических машин к помоганию от различных болезней», 1803 г.). А.Т. Болотов писал картины маслом и акварелью (хранятся в Государственном Эрмитаже, Русском музее и Государственном историческом музее) и сочинял духовную музыку. Похоронен по завещанию в с. Русятино (около Дворянинова). Наиболее известный литературный труд А.Т. Болотова – «Записки», которые представляют собой подробную летопись его жизни, в опубликованной части доведены до 1795 г. и заключают в себе разнообразный и во многом уникальный материал по истории России в XVIII в., в том числе о положении провинциального приходского духовенства, быте и образе жизни императора Петра III и его окружения, московском бунте 1771 г., убийстве архиепископа Амвросия (Зертис-Каменского) и др. Лейтмотивом «Записок» являются размышления автора о Промысле Божьем, отвращающем от «ложного благополучия», и о воле Божьей, проявляющейся во всех событиях. Благодарными размышлениями о Творце А.Т. Болотов завершал повествование о каждой «эпохе» своей жизни. Своеобразным продолжением «Записок» является книга «Памятник претекших времён, или Краткие исторические записки о бывших происшествиях и носившихся в народе слухах» (М., 1875 г., 2 ч.), в которой автор рассказывает о событиях 1796 г. и царствовании императора Павла I.