Среди главных его трудов значатся «Очерки истории методизма». К., 1886–1887; «Безбрачие духовенства: Историко-полемический очерк». К., 1891; «О молоканстве». К., 1891; «Когда нужно креститься (против перекрещенцев)». К., 1893; «Четырёхсотлетие Новой истории». К., 1893; «Стремления англикан к восстановлению древневселенской церковности в Англии в последние шестьдесят лет». К., 1894; «Новые религиозные преобразования в Англии в XIX в.». К., 1897; «К вопросу об англиканской иерархии». К., 1898; «О религиозном образовании в Северо-Американских Соединённых Штатах». К., 1900; «Старокатолическое и христианско-католическое богослужение и его отношение к римско-католическому богослужению и вероучению». К., 1901; «Церковь и её отношение к прогрессу». К., 1903; «Предположение о принятии ещё одного догмата в римско-католическую догматику». К., 1903; «Современное франкмасонство в его отношении к церкви и государству». К., 1903; «О просвещении народов». К., 1904; «О свободе человека христианина». К., 1905; Французское духовенство в конце XVIII в.». К., 1905; «О законности и действительности англиканской иерархии с точки зрения православной церкви». К., 1906; «Баптизм»; «Мормонство»; «Идеал общественной жизни в католичестве, реформатстве и протестантстве». Характерная для Афанасия Ивановича позиция отражена в статье «Французское духовенство в конце XVIII в. (в период революции)», опубликованной в № 5 «Трудов КДА» за 1905 г.: «В то время среди французского народа началась проповедь о равенстве, братстве и свободе всех людей с точки зрения формально-правовых воззрений на отношение людей между собою. Что же стали делать высшие представители церкви? Как они отнеслись к этому? Вместо того чтобы заняться выяснением истинно христианского смысла этих понятий (Мф. 5, 44–48), они, как бы закрывая глаза на то, что эти понятия заимствованы из учения Господа нашего Иисуса Христа, стали проповедать о том, что безусловного равенства, братства и свободы никогда не было и быть не может. Но ведь дело шло совсем не об этом. Дело шло о равенстве всех пред законом, в основе которого (по идее) должен быть закон нравственный. Они начали также проповедать о необходимости безусловного повиновения законам, происходящим от Богом поставленной власти. Но на качество этих законов внимания не обращалось; не обращалось внимания на их отношение к духу христианства. Такою постановкою дела высшее духовенство скомпрометировало себя, и в таком отношении его к начавшемуся народному движению нужно искать происхождения того поистине грустного факта, который известен в истории Франции под именем объявления «культа разума». … Низшее приходское духовенство во Франции накануне революции «было придавлено и вместе с простым народом делило его радости и горе. Оно страдало от бедности, несмотря на то, что не было обременено и связано тягостями семейной жизни; оно было под гнётом и духовной и светской власти, оно страдало и от провинциальной аристократии, которая своими связями с высшим клиром всегда имела возможность угнетать приходских священников (cures). Одним словом, конец XVIII века даёт нам целый ряд картин, знакомых нам, близких нашему сердцу, напоминающих до мельчайших подробностей жизнь наших деревенских священников по их положению между простым народом и деревенской «знатью», начиная с господ и кончая их «дворецкими». Слово «cure» (приходской священник) сделалось таким же унизительным и обидным, почти позорным, как и теперь у нас слово «поп». А между тем этому-то именно духовенству и предстояла необходимость выступить со своим религиозно-нравственным влиянием в деле начинавшегося народного разрушительного движения. Что оно могло сделать? Как могло оно предотвратить братоубийственную народную резню? Оно не могло с открытою душою и с полным убеждением выступить на защиту старого порядка вещей; потому что это значило бы защищать полное попрание законов божеских и человеческих, и потому, – естественно, оно должно было или оставаться молчаливым зрителем ужасных событий или, сознавая справедливость народных требований, становиться в ряды недовольных и вместе с ними переживать все ужасы революции».