Будный перешёл в лагерь социниан, чьё учение, по сути, является возрождённым в новой форме учением ариан (социниане не признавали христианского догмата о Святой Троице, отрицали божественную природу Иисуса Христа, не признавали учения о грехопадении, предопределении и искуплении) и усердно начал распространять социнианское учение по Литве, не найдя в учении Жана Кальвина того, чего искал. Когда Николай Радзивилл начал убеждать его бросить новое учение, Будный окончательно порвал всякую связь с кальвинизмом и прежним меценатом и перебрался в Лоск, в имение Яна Кишки, старосты жмудского и литовского кравчего, владельца 70 городов и 400 селений, сочувствующего арианству. Здесь он опять начал издавать сочинения на польском и латинском языках. В этих сочинениях, написанных доступным для масс языке, было рассеяно множество до того новых и смелых мнений, что они произвели сильный переполох в обществе, и с этого времени Симона Будного стали считать основателем новой секты, которую называли эбионитско-литовской. Эта рационалистическая секта в основе своей была, скорее, социальной и антигосударственной (отрицалась правительственная власть, порицалась война, право иметь рабов и т.д.), чем исключительно религиозной, исповедовала смелое и цельное учение, обоснованное, на первый взгляд, очень солидно и постоянно подкрепляемого Священным Писанием. Однако критики обличали Симона Будного в том, что при переводе он по своему усмотрению расширял или сокращал текст евангелистов и вообще очень ловко изменял текст с целью оправдания своего учения. Например, он отобрал 26 цитат из Священного Писания, изменив их по своему усмотрению с целью доказать, что Иисус Христос не только не был Богом, но что и рождение Его не имело характера таинства, так что Ему не следует воздавать божеских почестей, и т.д. Одарённый от природы быстротой и силой мысли, хорошо образованный, знающий много древних и новых языков, Симон Будный отличался необыкновенным писательским талантом. Поэтому он стал приобретать в Речи Посполитой множество сторонников своего учения, благодаря убеждённости, удачной полемике, личному обаянию и другим условиям пользовался большим авторитетом. Вместе с Мацеем Чеховичем Симон Будный содействовал широкому распространению арианства в Польше. В его учении исследователи находят специфические особенности «полужидовства», вероятно, потому, что Будный отрицал божественность Христа и особенное уважение питал к Ветхому Завету. В 1582 г. в Лаславицах состоялся Собор, на котором было постановлено отстранить его от исправления духовных обязанностей, под страхом сурового наказания. Симон Будный неожиданно публично отрёкся от всех своих взглядов, вообще от всего, над чем так долго работал. Осуждению подверглись «две книжичищи» Будного и со стороны патриарха Адриана (1690–1700 гг.). В 1583 г. Будный издал книгу «Про светскую власть», где описал историю своих социальных и религиозно-философских разногласий с «левыми» про отношение к феодальному обществу и государству, за что в 1584 г. был исключён из братской общины (в конце 1580 гг. Будному пришлось примириться с ними). В 1589 г. в Полоцке Симон Будный полемизировал с иезуитскими теологами, опровергая их убеждение о бессмертии души. Умер в Вишнёве.