Но последующие события показали, что католическая власть не намеревалась соблюдать эти гарантии Люблинской унии, ограничив и стеснив православных в их правах. В то же время Польское королевство на волне Контрреформации испытывало религиозный подъём. После Тридентского собора (1545–1563 гг.) Римско-католическая церковь начала оправляться от удара, нанесённого ей Реформацией, и восстанавливать утраченные позиции. Прозелитическая деятельность католиков, пришедшая в упадок с началом Реформации, резко оживилась с 1570 гг. (в 1569 г. иезуиты были призваны в Вильну виленским бискупом Валерианом Протасевичем; как в Польше, так и в Литве они ставили цель бороться с протестантизмом). С ним они скоро покончили, обратив своё внимание на православных, и в значительной степени подготовили унию. Хорошо подготовленные и высоко образованные богословы, как правило, побеждали в богословской полемике с православными. Опираясь на королевскую власть, иезуитские идеологи двинулись на Восток, где их наступлению с трудом противостояли православные полемисты и отдельные западнорусские магнаты. Лишь мещанство, в большей степени остававшееся верным православию, давало иезуитам ощутимый политический отпор, объединяясь в церковные братства (см. Братства православные). Польский король и великий князь литовский Стефан Баторий (1576–1586 гг.), декларировавший личную приверженность католицизму, в течение пяти лет основал иезуитские коллегиумы в Люблине, Полоцке, Риге, Калише, Несвиже, Львове и Дерпте. В связи с нацеленностью внешней политики на восток Баторий стремился развивать инфраструктуру государственного управления в границах Великого княжества Литовского, планировал перенести столицу Речи Посполитой в Гродно и поддержал иезуитов в стремлении создать в Литве высшее учебное заведение. 1 апреля 1579 г. он выдал привилей, согласно которому учреждённая в 1570 г. в Вильне иезуитская коллегия преобразовывалась в Академию и Виленский университет Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). Благоприятные условия для деятельности иезуитов лежали и в тогдашнем состоянии западнорусской православной церкви. Польско-литовским королям издавна принадлежало право утверждать лиц, избранных иерархией или народом на высшие духовные должности. Стефан Баторий понимал это право так широко, что сам избирал и назначал высших духовных лиц. На духовные должности он нередко назначал мирян, к тому же не всегда достойных духовного сана, в качестве вознаграждения за оказанные услуги. Поставленные таким образом иерархи, не подготовленные к исполнению архипастырских обязанностей, озабоченные, прежде всего, обогащением себя и своих родственников, вели неподобающий образ жизни, всё больше вызывая к себе враждебное отношение паствы. Серьёзное влияние на развитие ситуации оказал существовавший в Польше и Литве институт патроната. С одной стороны, он давал отдельным лицам, как, например, князю Константину Константиновичу Острожскому (1526–1608 гг.), киевскому воеводе, возможность оказывать существенную поддержку православной церкви в её борьбе с католичеством; с другой стороны, патронат, предоставляя мирянам право вмешиваться в дела церкви, открывал широкий простор произволу и насилию, как это и это было в Литве в период насаждения унии. Патронат в западнорусской церкви получил особенно широкое и своеобразное развитие. Он принадлежал не только отдельным лицам, отдельным родам, но и городским общинам, которые группировались для этого в церковные братства. Наиболее влиятельными были Львовское братство в Галиции, Виленское в Литве и Богоявленское в Киеве. Братства принимали участие в выборе епископов и митрополитов, следили за управлением церковным имуществом, протестовали против злоупотреблений епископов и вообще духовных лиц, защищали интересы церкви перед властью и т.п. Епископы и духовные лица тяготились вмешательством братств в церковные дела. У некоторых епископов было желание отделаться от нежеланной опёки; это вызывало на борьбу с братствами и впоследствии даже побуждало к переходу в унию. В этих условиях группа представителей высшей православной иерархии начала склоняться к мысли о целесообразности унии с католической церковью. В основе таких настроений лежали и личные интересы духовенства (желание сберечь собственные земельные владения и сравняться в политических правах с католическим духовенством), и стремление владык вывести церковь из кризиса. Тайное обсуждение этих планов продолжалось несколько лет. Когда же они стали известны православной общественности, против них, помимо князя К.К. Острожского, выступило мелкое западнорусское дворянство, православный клир среднего звена, мещанство, а также новое сословие – казачество. Для деятелей католической церкви того времени было характерно мнение, что «русские» (восточные славяне) вступили в «схизму» не по собственному убеждению, но следуя авторитету Константинопольской патриархии, и следуют этим «заблуждениям» лишь по привычке, поэтому их можно легко привести к союзу с Римско-католической церковью.