Большинство православных братств участвовали в братском движении, характерными чертами которого были признание старшинства Львовского Успенского братства; регулярные контакты между братствами, заключавшиеся в обмене посланиями, литературой, деньгами, в переходе учителей и проповедников (наиболее активными были взаимоотношения между Львовским Успенским и Виленским Свято-Троицким братствами); совместные акции – выступления против действий отдельных архиереев, обращения к светским властям Речи Посполитой, участие в Соборах Киевской митрополии. Одним из главных проявлений внутреннего кризиса, охватившего православную церковь на украинско-белорусских землях во второй половине XVI в., стал рост напряжённости в отношениях между епископами, часто нарушавшими свой архипастырский долг и церковные каноны, и паствой, в первую очередь, её наиболее сознательной и активной частью – братствами. Серьёзные усилия по улучшению положения православной церкви в Речи Посполитой (в частности, просветительская деятельность) предпринимались не епископами, а православными братствами (прежде всего, в Вильно и Киеве), в состав которых стали постепенно вступать православные вельможи и дворянство (братства имели основание считать себя едва ли не главной силой, способной вывести православную церковь из кризиса). Особенно остро конфликт между епархиальным архиереем и православными братствами развивался во Львовской епархии. Успенское братство неоднократно жаловалось Константинопольским патриархам на действия епископа Гедеона (Балабана). В частности, в 1586 г. оно направило патриарху Феолипту II (1585–1586 гг.) послание с обличением пастырей, которые выступают против «учения и учащих» и не только не наставляют на путь истины недостойных священников, но и покрывают их беззакония. После того как епископ Гедеон пытался силой захватить Уневский и Онуфриевский монастыри, а также типографию, принадлежавшие Успенскому братству, спор рассматривался в 1589 г. на Соборе западнорусских архиереев во главе с Константинопольским патриархом Иеремией II (1572–1579, 1580–1584, 1587–1595 гг.). Собор постановил подчинить братский Онуфриевский монастырь Киевскому митрополиту. Необходимость преобразований в церкви обсуждалась на Брестских соборах Западнорусской митрополии (1590–1594 гг.), в которых самое активное участие приняли православные братства. К Собору 1594 г. обратились Виленское братство и православное дворянство Великого княжества Литовского с предложениями, направленными против епископов, которых воспринимали как препятствие на пути к улучшению положения церкви. По мнению авторов обращения, доходы епископских кафедр должны использоваться на содержание школ, строительство храмов и больниц. Предлагалось в судебном порядке преследовать противников православных братств, признать монополию братств на создание школ и типографий, учредить братства и братские школы в центре каждого повета, подчинить духовенство всех братских храмов непосредственно Киевскому митрополиту, который должен рукополагать кандидатов, избранных мирянами. Избрание епископов и митрополита также должно происходить только «с согласия мирских людей». По мнению авторов обращения, в Речи Посполитой требовалось постоянное присутствие патриаршего экзарха, чьей задачей, очевидно, являлся контроль за действиями епископов. Архиереи, присутствовавшие на Соборе, во главе с митрополитом Михаилом (Рагозой) и Владимиро-Волынским епископом Ипатием (Потеем), не согласились с этими предложениями (никаких решений, в чём-либо ущемлявших епископов, Собор не принял). Деятельность братств была одобрена, но Собор постановил, что братские священники должны подчиняться власти епархиальных архиереев, с разрешения которых должно осуществляться издание литературы. К концу XVI в. православные братства стали представлять реальную угрозу для западнорусских архиереев, не без основания опасавшихся, что Константинопольский патриарх по просьбе братств проведёт Собор, на котором будут рассмотрены злоупотребления епископов. В этих условиях епископы Киевской митрополии постепенно стали склоняться (во избежание угрожавшей им опасности) к подчинению власти Римского папы.