В XVII в. Богоявленскому монастырю покровительствовал боярский род Салтыковых, создавший в стенах обители своё родовое кладбище. В подклете собора были погребены окольничий Михаил Михайлович (в иноках Мисаил, ум. в 1608 г.), его сыновья – бояре Борис Михайлович (ум. в 1644 г.) и Михаил Михайлович (ум. в 1671 г.), внук Пётр Михайлович (ум. в 1690 г., видный государственный деятель в царствование Алексея Михайловича, возглавлявший Малороссийский приказ), правнук стольник Фёдор Петрович (ум. в 1682 г., погиб в Москве во время стрелецкого бунта) и др. На территории монастыря сохранился Трапезный корпус XVII в. – трёхэтажное здание, с красивыми наличниками окон (особенно нарядны они на верхних этажах). В 1750 гг. была построена Никольская («Салтыковская», как обычно называли её костромичи) церковь (сооружена над гробницей генерал-майора М.П. Салтыкова его вдовой Е.М. Салтыковой; освящена в 1760 г.). Это был высокий барочный храм типа «восьмерик на четверике», с ярусным завершением (в советское время он был снесён). В XIX в. наружную лестницу Трапезной палаты, которая вела в помещения второго этажа, убрали и обозначили вход нарядным крыльцом. В 1918 г. монастырь был закрыт, однако Богоявленский собор стал приходским храмом и действовал до 1924 г. С 1925 г. в здании размещалось губернское архивное бюро, ставшее затем областным архивом. В 1920–1930 гг. были почти полностью уничтожены монастырские стены и большинство башен, разрушены Никольский («Салтыковский») храм и Никольская часовня. В 1982 г. в Богоявленском соборе, используемом как хранилище областного архива, произошёл пожар, уничтоживший остатки фресок собора XVII в. Монастырь был возрождён как Богоявленско-Анастасиин женский определением Священного Синода Русской православной церкви 20 июля 1990 г. В марте 1991 г. из Успенского Пюхтинского монастыря прибыли первые насельницы. 17 августа 1991 г. Богоявленский собор стал кафедральным собором Костромской епархии Русской православной церкви. Сюда перенесли главную святыню Костромы – Феодоровскую икону Божьей Матери. В 1991 г. начались богослужения в Смоленской церкви. В 2006 г. был восстановлен храм во имя преподобного Сергия Радонежского и преподобного Никиты Костромского в подклете собора. В 1993–1997 гг. были расселены западный и больничный корпус, а в 2001 г. – восточный корпус (именовавшийся также настоятельским), которые использовались как жилые здания. При участии администрации города Костромы была полностью восстановлена монастырская стена по улице Симановского (Богоявленской). Возродилось монастырское кладбище, а на месте разрушенного Никольского («Салтыковского») храма воздвигнут памятный крест. При монастыре созданы две гостиницы для посещающих обитель паломников и священнослужителей. В 2002 г. на территории монастыря был установлен памятник Феодору Стратилату, освящённый в день празднования Феодоровской иконы Божьей Матери Патриархом Московским и всея Руси Алексием II (1990–2008 гг.). В настоящее время на территории Богоявленско-Анастасииного женского монастыря располагаются Костромское епархиальное управление и Костромская духовная семинария (в здании Трапезной палаты). При монастыре действуют приют для девочек-сирот во имя Иоанна Кронштадтского и богадельня для престарелых во имя Марии Магдалины.