Были восстановлены церковь, училищный корпус, настоятельский дом, дом монастырского духовенства, здания для сестёр, странноприимница, ограда, разные хозяйственные постройки и подворье в Тифлисе. Если первоначально в обители числилось 6 или 7 насельниц из России, то вскоре число подвизающихся возросло до 200. Бодбийский монастырь владел богатой библиотекой. По сведению Д. Пурцеладзе, из Бодбийского книгохранилища по распоряжению Грузино-Имеретинской Синодальной конторы Тифлисской духовной семинарии было передано (приблизительно в 1870 гг.) 40 древних рукописей, а 12 были оставлены в монастырском книгохранилище: «Чин освящения церкви» (XVI в.), «Месячная минея» (XVI в.), «Требник» (XVII в.), «Шестоднев» Василия Великого (XVII в.), «Типикон» 1756 г. (миниатюрное грузинское «Четвероевангелие», вероятно, редакции св. Евфимия Святогорца, в золотом переплёте, пожертвованное царевичем Георгием – сыном Ираклия II в 1776 г.), «Евангелие» на грузинском языке, напечатанное в Москве и богато украшенное (XVIII в.), краткий «Требник» (XVIII в.), «Толкования» Евангелия от Матфея (2 экз.) и Евангелия от Иоанна (пожертвованные монастырю Онуфрием), «Слова» Григория Богослова и «Мартирика» Католикоса-Патриарха Антония I (Багратиони; 1744–1755 гг.), подаренные монастырю Иоанном (Макашвили). Помимо церковной литературы, библиотека обладала такими трудами, как «Грузинская грамматика» Антония I, «Гузинский лексикон», «Риторика» и др. (всё утеряно в советские годы после национализации церковного имущества). Большевики закрыли монастырь в 1924 г. Последней настоятельницей была игуменья Нина (Вачнадзе). Большевики неоднократно угрожали лишить её жизни, но она чудом уцелела, хотя была вынуждена оставить Бодбийский монастырь (всю оставшуюся жизнь она провела в Тбилиси при храме Анчисхати). Возрождение монастыря началось с 1991 г., а в 1995 г. Священный Синод Грузинской церкви принял решение обновить храм св. Нины, в связи с чем Католикос-Патриарх Грузии Илия II (Гудушаури-Шиолашвили; с 25 декабря 1977 г.) благословил начать археологические раскопки, во время которых были обнаружены важные исторические реликвии. Археологические раскопки также выявили, что предание, рассказанное в 1920 г. игуменьей монастыря Вачнадзе о перенесении мощей св. Нины из придела под престол главной церкви, предпринятое из-за боязни осквернения их лезгинами, не соответствует действительности. Также была обнаружена старая трапезная, состоящая из двух частей и схожая по форме с нижней трапезной, характерной для грузинского зодчества IX–X вв., что позволяет предположить, что она была основана одновременно с храмом (археологические исследования не завершены и в дальнейшем будут продолжаться). На 2009 г. в монастыре подвизалось около 30 сестёр. Монастырь, хотя и медленно, но всё же обретает свой прежний облик, благоустраивается и расширяется. Украшена гробница св. Нины, восстанавливаются полуразрушенные здания. У монастыря есть обширное подсобное хозяйство, действуют иконописная и золотошвейная мастерские. Сёстры также занимаются традиционной для грузинских монастырей литературной деятельностью: на основании древнейших рукописей готовят к изданию богослужебные книги. В ущелье на северо-востоке от монастыря находится источник св. Нины («Нинос цкаро») с целебной водой. Там построены купальня и маленькая церковь во имя свв. Завулона и Сусанны, родителей св. Нины. Для многочисленных паломников открыта трапезная «Пилигрим». Реставрируются и поддерживаются храмы монастыря: Георгия Победоносца и равноапостольной Нины, а также кафедральный собор Бодбийской епархии.