Интрига велась очень умело, и её результаты не замедлили сказаться: по совершенно незначительному поводу Сестренцевичу был объявлен высочайший выговор, и отношения к нему Павла І сделались самыми немилостивыми. Но случай помог ему вновь вернуть монаршее к себе доверие. В 1797 г. в польских областях, присоединённых к России, произошло восстание, в котором были замешаны три ксёндза. На требование правительства расстричь этих ксёндзов граф Литта ответил отказом. Тогда дело было передано Сестренцевичу, который поспешил исполнить волю императора. На митрополита опять посыпались милости, ему был пожалован орден св. Андрея Первозванного, дело об устройстве католической церкви было решено по его мысли и планам, и ободрённый Сестренцевич стал даже хлопотать, чтобы все приверженцы нунция были удалены из департамента католических дел. Разгорелась новая борьба между ним и Литтой, окончившаяся, однако, тем, что Сестренцевич получил от императора рескрипт, поручавший ему принять управление над всем католическим духовенством, находившимся в России, а нунцию было приказано оставить столицу в 24 часа. Пользуясь своим восстановившимся значением, Сестренцевич добился, наконец, перемены состава департамента католических дел, а затем исхлопотал высочайшее утверждение составленного им регламента для церквей и монастырей католического исповедания в Российской империи, направленного к искоренению разных нестроений и злоупотреблений, господствовавших в католических духовных орденах, и подчинявшего их юрисдикции местного епархиального епископа. Удаление Литты, а особенно издание регламента, вооружившее против Сестренцевича всё монашествующее духовенство, побудило иезуитов употребить все усилия, чтобы лишить митрополита власти, которая в будущем ничего доброго им не обещала. Во главе интриги встал теперь известный патер-иезуит Грубер, в 1789 г. приехавший в Петербург из Полоцка; он который оказался счастливее Литты. Свою деятельность патер начал чрезвычайно удачно: вылечил от зубной боли императрицу Марию Федоровну и этим прочно завоевал расположение Павла I, полностью вытеснив Сестренцевича из сердца императора, а также из занимаемой им квартиры в доме при католической церкви Св. Екатерины. Грубер стал успешно налаживать отношения между российским императором и папой Пием VII (1800–1823 гг.), имея целью (ни много, ни мало) объединение католической и православной церквей. Павел Петрович очень сочувствовал папскому Риму, страдавшему от вторжения наполеоновских войск, даже отправил Пию VII письмо с предложением переселиться в Россию и здесь основать свою новую резиденцию. Хотя папа в Россию ехать остерёгся, но это не помешало установлению между папским двором и Россией дипломатических отношений. Был создан проект слияния православной и латинской церквей. Кстати, с этим проектом в руках 11 марта 1801 г. патер Грубер ждал в Михайловском замке аудиенции российского императора, но в тот день ему не удалось попасть на приём к Павлу (об этом позаботился петербургский военный губернатор граф фон Пален). А наутро, исполненный надежд на благополучное выполнение своей миссии, патер Грубер получил известие о кончине императора Павла «от апоплексического удара».