Исследуя Евангелие от Матфея, он настаивал на том, что все притчи 13-й главы произнесены в один день, и евангелист не мог их редактировать, объединяя относящийся к разному времени материал в тематические блоки (например, Мф 5–7; 8–9; 13). К наиболее сильным сторонам его экзегетических трудов исследователи относят филологический анализ текстов, поскольку его толкования основываются на максимально точном выяснении значения отдельных слов и выражений и определении их синтаксических связей. Такое внимание к мельчайшим нюансам текста приводило в ряде случаев к несогласию исследователя не только с современными ему западными комментаторами, но и с православными толкователями, как древними, так и новыми. Исследователи подчёркивают, что Василий всегда учитывал варианты текста, известные из рукописей и святоотеческих произведений, пользовался критическими изданиями своего времени и обращал особое внимание на разночтения в славянских памятниках. Несмотря на полемическую остроту отдельных мест, тон его сочинений всегда спокоен и уравновешен, литературный стиль отличается ясностью и точностью выражения мысли. Ряд его сочинений посвящён проблемам философии (греческой, а также философии Иммануила Канта) и патрологии, актуальным религиозным (теософия, учение Л.Н. Толстого) и социальным проблемам (благотворительность, воспитание). Он перевёл и опубликовал несколько сочинений Тертуллиана и Августина Блаженного. Сочинения: Объяснительные замечания к наиболее трудным местам Соборного послания апостола Иакова. К., 1894; К изучению книги Деяний Апостольских. К., 1902; О Евангелиях и евангельской истории. К., 1907; Из истории греческой философии. К., 1898; Закон и Евангелие. К., 1898; Евангелие как основа жизни. К., 1907; К изъяснению четвертого Евангелия. К., 1910; Опыты по изучению Священного Писания Нового Завета. Вып. 1: Из посланий св. Ап. Павла. К., 1909; Вып. 2: Книга Деяний Апостольских. К., 1911; Философия Канта // ТКДА. 1898; О евангельских чудесах (против Л. Толстого) // Там же; Действительность воскресения мертвых, по учению св. ап. Павла // ТКДА. 1902; О христианском единстве // Там же. 1902; О втором послании св. ап. Павла к Коринфянам // Там же. 1902; О Церкви // ТКДА. 1904; О духовной брани // Там же. 1904; Неповреждённость Послания св. ап. Павла к Римлянам // Там же. 1904; Послание св. ап. Павла к Евреям // Там же. 1905; О личности св. ап. Павла // Там же. 1906; Тайная Вечеря Господа нашего Иисуса Христа // Там же. 1906; Первое послание св. ап. Павла // ТКДА. 1907.; Послание св. ап. Иакова // Там же.1907; Критические этюды по НЗ // Там же. 1908; Второе соборное Послание св. ап. Петра // Там же. 1908; Послание св. ап. Иуды // Там же. 1908; Блаженства Господни // Там же. 1909; Исторический характер книги Деяний Апостольских // ТКДА. 1909; Об источниках книги Деяний Апостольских // Там же. 1910; О духовной христианской борьбе // ТКДА. 1911; К изъяснению 1-го Послания св. ап. Павла к Коринфянам // Там же. 1911; Христос Спаситель как Чудотворец // Там же. 1911; Хронология книги Деяний Апостольских // Там же. 1911; О значении Церкви // Там же. 1913; Происхождение Евангелия от Матфея // Там же. 1915; К изъяснению Ин. 3, ст. 1-16 // Там же. 1917; Неповрежденность 4-го Евангелия // Там же.