Отправившись дальше, он встретился в Шмидерберге с Ф. Меланхтоном и с Петром Антонием, высланным в Германию польским магнатом Яном Ляским. Это вызвало новое сочинение Благослава: «Odpovèd' na adnotata, které Jan Lasky ku konfessi, 1538, ve Wittemberku vydané učinil a po Jiřim Izraeli do Čech ku Konventu Bratří vypravil, 1558» (к этому же году относится: «Jednani s Vojtèchem z Pernšteina»). Возвратившись в Болеславль, Благослав написал сочинение против теории Иллирика: «Summula quaedam brevissime collecta ex variis Scriptis Fratrum, qui falso Waldenses seu Picardi vocantur, de eorum Fratrum origine exactis». Его важнейшим противником был епископ Ян Августа, который провёл в заточении 16 лет и стоял за слияние с лютеранами. После выхода из тюрьмы он выступил противником высшего образования, считая его опасным для общины, прикрываясь авторитетом первого «законодарца» общины брата Лукаша. Отстаивая свое мнение, Благослав в это время написал ряд трактатов, в которых доказывал важность высшего образования для братьев, в особенности необходимость знания латинского, греческого и еврейского языков. Именно знание языков помогло Благославу в его работе над новым чешским переводом Нового Завета. Он восстаёт против порчи чешского языка иностранными речениями, архаизмами и провинциализмами, настаивая, что грамматика должна не измышлять правила, а выводить их из живой речи (по его мнению, чешский язык – самый благородный, красивый и богатый из всех славянских языков). Так как Августа высказался против книжной учености, то Благослав в 1567 г. издал свою знаменитую филиппику против врагов образования, озаглавленную «Poznamenani soudu meho o téch slovich Br. Lukášovych, že nic nepsal, cehož by v Jednotè nevzal», которая составляет один из лучших образцов чешского красноречия того времени. Эстетический склад ума Благослава сказался в его стремлении к усовершенствованию всех внешних жизненных норм: письменной речи, пения и музыки, внешности книги («Канционал» – издание образцовое и по внешнему виду), живой ораторской речи и религиозных обрядов. Несмотря на расстроенное здоровье, Благослав не переставал заботиться о судьбе братства и старался всячески устранять каждую грозившую ему опасность. Не ограничиваясь этими делами, он занялся научной обработкой чешского языка. Результатом его трудов в этой области была «Gramatika česká», написанная в 1571 г., а изданная только в 1857 г. Градилем и Иречком. Последним трудом Благослава были «Недостатки проповедников», напечатанные Фр. Славиком в 1876 г. Его книга «Evangelia neb čteni svatá, kteraž slovau pašije» вышла в 1571 г., и в том же году он умер в моравском Крумлове. Как видно из братского «Nekrologium»а, написанного воспитанником Благослава Вавржинцем Орликом, он был не только выдающимся писателем, но и выдающимся деятелем школьной и церковной организации, а также человеком примерной жизни. Благодаря, главным образом, его заслугам чешские школы того времени были лучшими в Европе. Благослав не был реформатором вроде Яна Коменского, но его воззрения были глубже, чем у предыдущих чешских деятелей. Он содействовал возрождению общины чешских братьев и сумел, сохранив её религиозную индивидуальность, сблизить её с духом немецкой Реформации в стремлении к прогрессу и высшему образованию.