Особое внимание при этой реставрации было уделено верхним приделам и их интерьерам, освящённым в честь Собора архангела Гавриила, Собора Богородицы и Входа Господня в Иерусалим. Только интерьер придела великого князя Александра Невского (прежде вмч. Георгия, а до этого свт. Василия Кесарийского) сохранил облик 1822 г. В реставрируемых приделах (Собора Богородицы, Входа Господня в Иерусалим) были разобраны своды, деревянные закладки в основании барабанов (Собора архангела Гавриила) и закладки окон (Собора Богородицы, Входа Господня в Иерусалим), признанные Ф.Ф. Рихтером поздними. Пол в этих приделах был выстлан белокаменными плитами с декоративным рисунком, выполненным по образцу сохранявшихся до реставрации подлинных керамических плиток с орнаментом. В 1866 г. в южной паперти Ф.Ф. Рихтер обнаружил заложенные в 1836 г. пилон и колонну, украшенные итальянизирующей резьбой. Они были заменены белокаменными копиями, а подлинные отданы в музей Мао. Реставрация и ремонт Благовещенского собора были продолжены в 1880–1890 гг. и в советский период. В 1946 г. была раскрыта полуколонка в южной паперти, не найденная Ф.Ф. Рихтером, а в 1950 г. восстановлен южный портал собора, раскрытый из-под заделок 1836 г. Первоначальные посвящения приделов Благовещенского собора, сооружённых в 1560 гг., исследователям известны из летописей. В январе 1564 г. в северной паперти были освящены приделы в честь Собора Богородицы и Собора архангела Михаила, первый в западной части паперти, второй в восточной. Престол придела Входа Господня в Иерусалим в западной части южной паперти был освящён в декабре 1566 г. Дискуссионным для исследователей остаётся посвящение четвертого придела и соответственно местоположение престола свт. Василия Кесарийского. Согласно летописи, между 1547 и 1564 гг. он был перенесён в восточную паперть на стороне Казённого двора. Исследователи не исключают, что в связи с переносом престола в южную паперть последняя подверглась частичной перестройке, при которой появилось южное крыльцо. Они полагают, что в 1564 г. престол свт. Василия Кесарийского был внесён обратно в дьяконник, а в юго-восточном приделе был помещен престол вмч. Георгия, который там находился в XVII в. Но это им представляется маловероятным, поскольку в ладанных книгах с конца XVI в. придел свт. Василия Кесарийского снова указывается «в паперти» или «на паперти». Скорее всего, он, согласно предположению Н.Д. Маркиной, был внесён в верхний юго-восточный придел. Престол свт. Василия Кесарийского находился в юго-восточном приделе еще в 1630 гг. Придел вмч. Георгия, упоминающийся в ладанных книгах как находившийся также «на паперти», вероятно, изначально был размещён в самой галерее. То обстоятельство, что он не упомянут в Никоновской летописи, исследователям говорит о его появлении в соборе после 1560 гг. Первое известие о нём относится к 1584 г., к концу XVII в. престол вмч. Георгия переносят в юго-восточный придел, где он остаётся до упразднения в середине XVIII в. В 1822 г. юго-восточный придел освятили во имя великого князя Александра Невского, соименного святого императору Александра I Павловича «Благословенного» (1801–1825 гг.). До конца XVI в. был, видимо, упразднён престол в честь Собора архангела Михаила, т.к. в 1584 г. фигурирует уже придел в честь Собора архангела Гавриила. После воцарения Михаила Фёдоровича Романова (1613–1645 гг.) в соборе освящают придел во имя его ангела – св. Михаила Малеина (ладанные книги впервые отмечают выдачу ладана для него 21 сентября 1613 г.). Скорее всего, он помещался в южной или восточной паперти. В 1836 г. в помещении южной паперти по указу императора Николая I Павловича (1825–1855 гг.) был устроен придел во имя его святого – свт. Николая, архиепископа Мирликийского. Богослужения в Благовещенском соборе были прекращены в марте 1918 г. в связи с переездом советского правительства из Петрограда в Москву. Свободный доступ в Кремль был возобновлён после организации музея, открытого для посещения с 20 июля 1955 г. Богослужения в соборе возобновились в 1993 г., 7 апреля, в день престольного праздника; литургию в соборе служил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (1990–2008 гг.). В настоящее время богослужение в соборе совершается один раз в году – на праздник Благовещения. С 1995 г. в этот день, следуя старинному русскому обычаю выпускать на волю птиц, после литургии в Благовещенском соборе патриарх на Соборной площади Кремля выпускает на волю голубей.