С 1 марта по 20 декабря 1906 г. Бердников принимал участие в работе Предсоборного присутствия, составив доклады и проекты по предполагавшимся церковным реформам. По приглашению Святейшего Синода с 1 марта по 20 декабря 1907 г. участвовал в Особом Совещании по вопросу о церковном приходе. Бердников преподавал в Казанской духовной академии до августа 1911 г., а после ухода из академии значительную часть своей научной библиотеки (1855 названий в 2848 томах) передал в дар библиотеке Казанской духовной академии. В знак признания его научных заслуг Казанская (1912 г.), Петроградская (1913 г.), Московская (1914 г.) и Киевская (1914 г.) духовные академии избрали Бердникова своим почетным членом. С 1892 г. он – почётный член Московского общества любителей духовного просвещения. Бердников активно сотрудничал с «Православной богословской энциклопедией», издававшейся (в 1900–1911 гг.) А.П. Лопухиным и Н.Н. Глубоковским, опубликовал около 70 работ в научных журналах и отдельными изданиями, составил более 110 рецензий и отзывов на научные монографии, курсовые работы, магистерскую и докторскую диссертации. Полемизировал с А.С. Павловым и Н.С. Суворовым по вопросам церковного права: об источниках церковного права, о восприемничестве при крещении, о духовном родстве, о церковных реформах, о традициях толкования различных норм канонического права и проч. Полемике с Суворовым посвящена монография «Основные начала церковного права Православной Церкви», в которой выявляется различие в методологических подходах русских канонистов к церковно-канонической науке. В частности, Бердников критикует Суворова за отстаивание протестантского учения о membrum praecipuum ecclesiae (лат. – верховный член церкви) и о единстве источников церковного и государственного права, за некорректное сравнение государственно-церковных отношений в Византийской империи и в протестантских странах. Под его влиянием в 70 гг. XIX в. зарождалась, а на рубеже XIX–XX вв. оформлялась в своих традициях казанская школа церковного права. Не случайно в ноябре 1914 г., когда в Казанской духовной академии отмечалось 50-летие учено-учебной и церковно-общественной деятельности Бердникова, многие известные учёные назвали его «началовождём наук церковного права» и «родоначальником школы русских канонистов». Его консультациями в области церковного права пользовались синодальные структуры, духовные консистории, архиереи РПЦ: митрополит Антоний (Вадковский), архиепископы Вениамин (Благонравов), Аполлос (Беляев), епископы Феодор (Подеевский), Алексий (Лавров-Платонов), Макарий (Миролюбов), Сергий (Серафимов) и др. К Бердникову писали иерархи других поместных церквей, например, митрополит Сербский Михаил (Йованович), канонисты – епископ Хушский Сильвестр (Баланеску – переводчик «Краткого курса церковного права» Бердникова на румыныский язык) и епископ Далматинско-Истрийский Никодим (Милаш). В последнем крупном исследовании «Наши новые законы и законопроекты о свободе совести» (1914 г.) Бердников анализировал две правовые системы государственно-церковных отношений – традиционную для России систему веротерпимости и западную систему свободы совести. Канонист критиковал стремление правительства выстроить при помощи нового законодательства о свободе совести третью, смешанную, систему, основанную на «религиозном индифферентизме», умалении роли православия и уравнивании в правах вероисповеданий и религиозных (в том числе сектантских) общин. Труды: О символических знаках и изображениях на христианских памятниках. «Православный Собеседник», II, 1869; Форма заключения брака у европейских народов в ее историческом развитии. Казань, 1887; Новое государство в его отношении к религии. Казань, 1888; Новые опыты курса православно-церковного права. «Записки Казанского университета», кн. VI, 1890; О восприемничестве при крещении и о духовном родстве, как препятствии к браку. Казань, 1892; Основные начала церковного права православной церкви. Казань, 1902; К вопросу о реформе епархиального управления и суда. Казань, 1906; Смысл XIII правила Лаодикийского собора. «Православный Собеседник», № 5, 6 и 9, 1908; Об управлении духовных дел магометан. Лит.: Смолин М.Б. Энциклопедия имперской традиции русской мысли. – М.: «Имперская традиция», 2005.