При создании данного образа Гоццоли тщательно воспроизвёл всевозможные мотивы и детали (костюмы, конская упряжь, животные и птицы), увлекаясь каллиграфией линий и живописной декоративностью, что было одинаково присуще готике и искусству Кватроченто. Прибегая к использованию ландшафтных, архитектурных и исторических деталей, художник наделил персонажей шествия портретными чертами современников, среди которых – Медичи, прибывшие во Флоренцию по случаю заключения Флорентийской унии (1439 г.), Константинопольский патриарх Иосиф II (1416–1439 гг.), император Иоанн VIII Палеолог (1425–1448 гг.), Фра Беато Анджелико и сам художник. Аналогичный характер носят и другие произведения Гоццоли: фрески из истории Августина Блаженного и фрески в Кампо Санто в Пизе. В 1463–1467 гг. он работал в Сан-Джиминьяно, где для церкви Сант-Агостино им был создан живописный цикл, программа которого принадлежит доктору богословия доминиканцу Доменико Страмби. Размещённые на хорах росписи, включающие 17 сцен из жизни Августина Блаженного, для исследователей представляют особый интерес как единственный в ренессансном искусстве Тосканы фресковый цикл, посвящённый этому святому. В чётко выстроенных архитектурных фонах композиций цикла проявилось знание античной архитектуры Рима (в сцене «Августин Блаженный покидает Рим» с топографической точностью представлен городской пейзаж – от форума Траяна до Ватиканского холма) и современной художнику архитектуры Флоренции («Похороны Августина Блаженного»). Пластичные и монументальные фигуры уверенно размещены в живописном пространстве. Как и в росписи капеллы Палаццо Медичи, Гоццоли включил в многофигурные сцены большое количество портретных изображений, а также ввёл в религиозную композицию жанровые подробности. В алтаре этой церкви был написан и вотивный образ св. Себастьяна (от votum – обет, желание) новой иконографии (святой вопреки устоявшейся традиции задрапирован в одежды). Ещё одна выполненная Гоццоли фреска с вотивным изображением этого почитавшегося в городе святого (особенно после избавления горожан от эпидемии чумы) находится в капелле церкви Колледжата. Последнее масштабное произведение Гоццоли, созданное при участии помощников, – фрески в Кампо Санто в Пизе (1469–1484 гг.), снискавшие ему славу среди современников и вызвавшие восхищение Вазари; они были почти полностью разрушены при бомбардировке в 1944 г. Монументальные композиции на северной стене церкви (23 сцены из Ветхого Завета, а также «Благовещение» и «Поклонение волхвов») отмечены детальной проработанностью, присущим Гоццоли тяготением к повествовательности, виртуозным владением перспективой, масштабностью, большой пространственной глубиной, свободой и естественностью в размещении фигур. Кроме фресковых циклов Гоццоли принадлежит множество алтарных картин и росписи табернаклей (реликвариев, дарохранительниц). За небольшим исключением: алтарь для Сан-Марко, 1461–1462 гг.; алтарная картина «Мадонна с шестью святыми» (Национальная галерея, Лондон), 5-частная пределла (Государственные музеи Берлина; Национальная галерея искусств, Вашингтон; Музей Виктории и Альберта, Лондон; Музей искусств, Филадельфия; Пинакотека Брера, Милан) – эти работы не достигли уровня его настенных росписей. Их отличает орнаментальная условность композиций, нарочитая архаизация языка и повторение композиционных приёмов. В 1480–1490 гг. Гоццоли стоял во главе мастерской, выполнявшей заказы на монументальные росписи, алтарные образы, рисунки для вышивки и табернакли (один из лучших в «Капелле Мадонны делла Тоссе» расписан по заказу Сера Грациа). Изменение стиля его работ последнего десятилетия исследователи связывают с пережитым Гоццоли душевным переворотом, вызванным проповедями и личностью Джироламы Савонаролы (1452–1498 гг.). Динамичные, тонко моделированные живописные композиции на евангельские темы, строго следующие признанным церковным канонам, исполнены скорби и драматизма («Снятие с Креста», Музей Хорна, Флоренция; «Воскрешение Лазаря», Национальная галерея искусств, Вашингтон; «Св. Иероним в пустыне», Музей Бардини, Флоренция).