Кроме светского существовал и церковный бенефиций, означавший связанное с церковной должностью право получать установленный доход с определённого церковного имущества или специально предназначенного для этих целей имущества мирян. Во времена древней церкви духовенство существовало за счёт верующих, когда все приношения передавались епископу, который заботился об их распределении. Обычно дарения делились на четыре части, из них первые две шли на поддержку епископа и духовенства, третья – на ремонт и строительство церквей, четвёртая – на милостыню и пособия нуждающимся клирикам в форме так называемого stipendium (лат. – вспомоществование). Но объем таких пособий не был точно определён. Неудобство состояло в том, что пожертвования часто делались натуральными продуктами, и в связи с увеличением числа сельских приходов возникли проблемы с содержанием клириков. С VI в. постепенно распространяется практика оставлять получаемые дары или доход с переданной мирянами собственности в распоряжении приходов и других церковных учреждений, что стимулировало процесс формирования имущества отдельных церковных институтов (приходов, капитулов, монастырей и т.д.). В сельской местности клирики нередко зависели от земельных магнатов, владельцев так называемых частных церквей; в таких случаях основавшему церковь (фундатору) полагалось с самого начала позаботиться о содержании духовенства. Предоставленные для этого земли и доходы становились отдельным имуществом частной церкви и передавались в управление служащим в них клирикам на основе прекарных договоров. Частные и другие сельские церкви и относящееся к ним имущество постепенно стали восприниматься как единые комплексы владений, с которыми были связаны определенные церковные должности. Для городского духовенства единство имущества епископства сохраняется дольше, чем для сельского; только в IX в. во Франкской империи началось образование кафедральных капитулов. Постепенно отдельные каноники приобрели право на часть имущества капитула (так называемая пребенда). Понятие «бенефиций» сначала появляется именно для обозначения должности каноника со всеми правами получения дохода. В этом значении термин впервые употребляется в XI в. в Италии наряду с синонимами «каноникат» и «пребенда». В отличие от прежнего прекарного договора в случае вакации бенефиция больше не было необходимости в новом епископском декрете, передающем доход с опредёленного имущества на содержание клирика. Такой источник доходов стал рассматриваться как предназначенный только для этих целей. Несмотря на то, что передача бенефиция была возможна лишь вместе с пожалованием должности, с XIII в. получает распространение практика так называемых комменд – наделения бенефицием без введения в должность. Институт комменды в позднее Средневековье позволил клирикам владеть несколькими бенефициями, не нарушая запрета на совмещение должностей, а также владеть церковными доходами лицам, которые не имели посвящения в сан, но приобретали властные полномочия епископов или аббатов. Связанные с этим злоупотребления не смогли устранить ни папские декреты, ни постановления Соборов эпохи соборного движения. Различие в доходах, приносимых бенефицием, совмещение бенефициев, а также злоупотребления стали причиной имущественного неравенства среди духовенства. Бенефициарная система сохранилась и в некоторых протестантских церквах (например, англиканской, лютеранской). В каноническом праве католической церкви были разработаны основные характеристики бенефиция, который учреждался формальным декретом церковного начальства, придающим определённым средствам или собственности статус бенефиция. Поскольку бенефиций – это право на получение доходов с церковной собственности, бенефициарий являлся пользователем, а не собственником источника своих доходов. Источник доходов должен был быть чётко определённым и постоянным, способным обеспечить клирику пожизненное содержание. Бенефиций давался пожизненно, его нельзя было отозвать, за исключением случаев, предусмотренных правом.