Через несколько лет число отшельников так умножилось, что лес не мог их вмещать. Бенедикт Нурсийский основал для них 12 небольших монастырей, определив настоятелей и поместив в каждом по 12 монахов. Сам же он жил на берегу озера в монастыре, посвящённом мученику Клименту, оставив при себе некоторых учеников и став руководителем всех общин. Среди ближайших его учеников папа Григорий I Великий называет сыновей знатных римлян Мавра и Плацида. Бенедикт Нурсийский устроил в Субиако монашескую организацию, напоминающую общины, созданные в Фиваиде Пахомием Великим (около 292–348 гг.). Пресвитер соседней церкви Флорентий очень не любил святого и всячески старался опорочить и извести его (однажды он даже послал отравленную просфору, но святой, имея дар прозорливости, разгадал злой умысел пресвитера). Вынужденный покинуть Субиако из-за его козней, Бенедикт Нурсийский вместе с некоторыми учениками (большинство продолжало служение в основанных им монастырях) перебрался в г. Касин, в окрестностях Неаполя. Здесь около 529 г. на землях, подаренных патрицием Тертуллом, отцом Плацида, близ бывшего римского лагеря Касин он основал общежительный монастырь (киновию) и стал его настоятелем. Монастырь был сооружён на горе, на месте языческого капища, где окрестные жители ещё приносили жертвы Аполлону, по словам Григория Великого (а на самом деле, как показали раскопки, в честь Юпитера). Бенедикт Нурсийский сокрушил идолов, а храм Аполлона (Юпитера) превратил в церковь в честь Турского епископа Мартина Милостивого (317–396 гг.), на месте языческого жертвенника построил храм (баптистерий) в честь Иоанна Предтечи и постоянной проповедью призывал народ к вере. Так было положено начало знаменитому в дальнейшем монастырю Монте-Кассино (говорят, что жизнь здесь наладилась не сразу: дьявол всячески мешал постройке церкви). Благочестие, подвижничество и творимые по молитвам чудеса Бенедикта Нурсийского сделали его знаменитым во всей Центральной Италии. Известие о пророческом даре настоятеля кассинского монастыря привлекло шедшего через Кампанию во время войны с византийцами (около 542 г.) остготского короля Тотилу, пожелавшего видеть настоятеля и беседовать с ним. Ученики Бенедикта Нурсийского по его благословению основали в г. Таррацине (современная Террачина) киновию, подобную кассинской. Говорят, что он предсказал день своей смерти. Кроме общепринятой датировки его кончины (547 г.) существует и другая версия, согласно которой он скончался спустя некоторое время после смерти своей сестры Схоластики в 543 г., был погребён в построенном им монастырском храме во имя Иоанна Крестителя в одной могиле с сестрой. Уклад монашеской жизни в Монте-Кассино получил отражение в написанном Бенедиктом Нурсийским монастырском уставе («Regula Benedicti») – единственном дошедшим творении, раскрывающим его аскетическое учение, которому до сего дня следуют не только бенедиктинцы, но и цистериане и картезианцы. Папа Григорий Великий (Двоеслов) писал: «Все способы учительства можно найти в этом начертании правил, потому что святой муж не мог учить иначе, нежели как сам жил». Рост числа подобных Монте-Кассино монастырей способствовал широкому распространению данного устава по всей Западной Европе и возникновению особой монашеской общности, будущего ордена бенедиктинцев. Текст устава, написанный рукой самого Бенедикта Нурсийского, хранился в Монте-Кассино как реликвия. При разрушении монастыря лангобардами около 581 г. насельники перенесли этот кодекс  в Рим, а через несколько лет после восстановления Монте-Кассино (начало VIII в.) папа Римский Захария (741–752 гг.) вернул рукопись устава в монастырь.