За время правления Людовика I Благочестивого он реформировал в Аквитании более 20 монастырей, в том числе и такие, как Желлон и Мена в Оверни, Массе в Берри, Сен-Савен в Пуатье и ряд других. Все они были связаны общим бенедиктинским уставом, находились под управлением Бенедикта Аньянского, но монахи могли переходить из одного монастыря в другой и не считались чужими. Кроме того, он реформировал по просьбе местных епископов несколько монастырей за пределами Аквитанского королевства: Миси (близ Орлеана) и Иль-Барб (близ Лиона), а также по приглашению Алкуина – Кормери. Вместе с Алкуином Бенедикт Аньянский выступал защитником православия в адопцианском споре, спровоцированном Урхельским епископом Феликсом. В 794 г. принимал участие в Соборе во Франкфурте, одним из основных вопросов которого было рассмотрение учения Феликса. Написанный вскоре после Собора главным его противником Алкуином трактат «Против ереси Феликса» был посвящён Бенедикту Аньянскому, посланному Карлом Великим в Септиманию в 799 г. вместе с двумя епископами, чтобы на месте оценить масштабы адопционистcкой ереси (христологической доктрины монархиан, согласно которой Иисус Христос был не Богом, а человеком, получившим благодать свыше в момент своего «усыновления Богом»), принять меры борьбы с ней, а также пригласить Феликса на новый Собор в июне 800 г., который закончился его отречением. Бенедикт Аньянский не принимал участия в этом Соборе, отправившись в составе второго посольства в Испанию для проповеди истинной веры и усмирения края. Скончался он в возрасте около 70 лет в построенном им Корнелимюнстерском монастыре, его мощи покоятся в монастырской церкви Индена. Основным источником сведений о Бенедикте Аньянском является житие, написанное вскоре после его смерти учеником Ардоном Смарагдом. Вскоре после смерти Бенедикта Аньянского началось его почитание как святого (местное почитание осуществляется в Корнелимюнстере, Дижоне и Аньяне). Сочинения Бенедикта Аньянского исследователи делят на догматические, посвященные адопцианскому спору, и аскетические, трактующие о правилах монашеской жизни. В этих сочинениях он проявил себя не столько как оригинальный богослов, сколько как полемист и знаток святоотеческой традиции. Из аскетических произведений на первом месте стоит «Книга уставов» («Codex Regularum») или, как называет её автор жития Ардон, «Собрание из уставов различных отцов» («Liber ex regulis diversorum patrum collectus»). Книга представляет собой компиляцию из большинства существовавших в то время на латинском языке восточных и западных монашеских уставов. Несмотря на то, что Бенедикт Аньянский предписывал монахам ежедневное чтение из этих уставов, книга, в том числе и из-за её объема, не пользовалась особым вниманием со стороны средневекового монашества. Большей популярностью пользовалось сочинение «Согласование уставов» («Concordia Regularum»), комментарий на бенедиктинский устав, который Бенедикт Аньянский рассматривал по главам (кроме 9–16) с приведением параллелей из других монашеских уставов. Помимо практической функции унификации форм монастырской жизни он считал важным продемонстрировать единство бенедиктинского устава и всей аскетической традиции. Поэтому весь корпус монашеских правил святой предпочитал рассматривать как единое целое, лишенное фундаментальных противоречий. Бенедиктинский устав, исторически связанный с восточной традицией, казался ему более удачным и подходящим для устройства монашеского общежития. Он внёс в него ряд изменений, главной тенденцией которых было увеличение роли молитвы и сокращение времени, отведенного для физического труда (эта тенденция была продолжена начавшейся в X в. клюнийской реформой). Из догматических произведений Бенедикта Аньянского сохранились три опровержения адопцианства, написанные в 1790 гг.: «Облачко свидетельств» («Testimoniorum nubecula»), «Исповедание веры» («Confessio fidei») и «Рассуждение против нечестия Феликса» («Disputatio adversus Felicianam impietatem»). В адопционистской полемике он, в основном, повторяет аргументы Алкуина. Бенедикту Аньянскому принадлежат два сборника изречений из творений святых Отцов, а также сочинение «О добродетелях» («De virtutibus»). Ардон упоминает и о составленном им гомилиарии, компиляции из проповедей церковных авторов («из гомилий святых учителей»), который он предписывал читать во время вечернего собрания монахов, однако принадлежность его Бенедикту Аньянскому исследователям кажется сомнительной. С его именем связан также ряд императорских и соборных постановлений, касающихся монашеской реформы. Сохранилась и обширная переписка Бенедикта Аньянского.