Однако ещё одним новым митрополитом и главой Белорусской автокефальной православной церкви объявил себя Александр Сологуб, которого ранее рукоположил в епископы митрополит Николай (за три недели Сологуб прошёл путь от мирянина до епископа), а через месяц он же и отлучил его от БАПЦ. Тогда Сологуб вместе с сербским епископом Дамаскиным рукоположил в епископа серба Йована Пурича, а после смерти Николая (Мацукевича) объявил себя главой Белорусской автокефальной православной церкви. К этой группировке в 2003 г. присоединился Иван Спасюк, который затем (вместе с Йованом Пуричем) низложил Сологуба, но признания другой части БАПЦ всё равно не получил. В 2000 гг. центром стал кафедральный собор св. Кирилла Туровского в Бруклине. При соборе существует приходской совет, состоящий в основном из националистов-эмигрантов новой волны. Собор часто используется для общественных мероприятий, из церковной практики сохранились лишь некоторые внешние атрибуты. Фактическое управление от имени престарелого Изяслава осуществляли Борис Данилюк, Зенон Позняк, Вячеслав Логин, Николай Саганович, Александр Сильванович (ум. в 2007 г.). В 2005 г. викарный епископ Барановичский и Бруклинский Василий (Костюк), перешедший в 2004 г. в Белорусскую автокефальную православную церковь из Русской православной церкви, наложил анафему на Данилюка и исключил ряд членов приходского совета БАПЦ по обвинению в неофашизме и превращению церковной общины в псевдохристианскую националистическую тоталитарную секту, весьма далёкую от церкви. Несогласные с исключением и их сторонники во главе с секретарём Консистории Белорусской автокефальной православной церкви Борисом Данилюком не подчинились такому решению и заблокировали церковь в Бруклине. Лишившись реальной власти, Василий вышел из БАПЦ и основал новую организацию «Греко-православные приходы на Беларуси». В его организацию переходят люди, не желающие состоять в Русской православной церкви, но и не приемлющие антирусскую и радикально-националистическую деятельность Белорусской автокефальной православной церкви. Кроме того, это единственный «первосвященник», понимающий необходимость согласия Московского и Константинопольского патриархатов для провозглашения автокефалии. В 2005 г. митрополит Изяслав предал анафеме Бориса Данилюка. В ответ тот поместил Изяслава в дом престарелых и сделал невозможным какой-либо доступ к нему (Изяслав умер в ноябре 2007 г.). Ещё одну Белорусскую автокефальную православную церковь создал извергнутый из сана католический диакон Дмитрий Беленький, который на своё имя зарегистрировал Американскую Белорусскую епархию БАПЦ. Никакой богослужебной деятельностью не занимается и паствы не имеет. По-видимому, цель регистрации – получение налоговых льгот. В настоящее время существует следующая информация о количестве приходов «основной» Белорусской автокефальной православной церкви (Изяслава-Данилюка): один в Канаде (Торонто), два в США (Бруклин и Гайлен-Парк), один в Великобритании (Манчестер) и два в Австралии (Аделаида, Мельбурн). Однако реально действующими являются только два прихода – в Бруклине и Гайлен-Парке. В храме св. Кирилла Туровского в 2006 и 2007 гг. служил Петро Згоба, родом с Украины, бывший псаломщик Киевского патриархата. В целом в начале XXI в. Белорусская автокефальная православная церковь имела до 20 приходов, объединяющих около 2 тыс. приверженцев. Однако она остаётся непризнанной со стороны Поместных церквей вселенского православия.