Исследования новозаветных рукописей привели его к заключению, что между свидетелями греческого Нового Завета (рукописями, переводами и произведениями церковных писателей) существует определённое сходство. Например, если определённое чтение было в одной из рукописей, то оно, как правило, находилось и в других рукописях того же класса. Это сходство должно было говорить об общем происхождении всех свидетелей текста, имеющих общее чтение. Вначале Бенгель хотел разделить все рукописи на три группы, но затем отделил африканскую группу источников (более древние рукописи) от азиатской (менее древние рукописи), которой приписывалось второстепенное значение. Теорию развил немецкий историк и теолог, основоположник исторического направления библейской критики в Германии Иоганн Землер (1725–1791 гг.), а затем разработал немецкий протестантский библеист Иоганн Грисбах (1745–1812 гг.). Текстологические изыскания Бенгеля много критиковались по самым различным причинам. Ему пришлось столкнуться как с теми, кто боговдохновенность слова Божьего ставил под сомнение, так и с теми, кто пытался указать на различную степень достоверности чтений в различных рукописях. Швейцарский протестантский теолог, текстолог Нового Завета Иоганн Якоб Веттштайн (1693–1754 гг.) обвинял его, с другой стороны, в недостаточно свободном использовании критических материалов. В ответ Бенгель написал «Защиту греческого текста Нового Завета» (1736), содержавшую ответ оппонентам, в особенности Веттштайну. Это издание длительное время было авторитетным среди учёных-библеистов и часто переиздавалось (его расширенное издание было осуществлено Филиппом Дэвидом Борком в 1763 г.). За этим критическим трудом последовал «Gnomon Novi Testamenti» («Экзегетические замечания к Новому Завету»), опубликованные в 1742 г. Эта книга – плод 20-летнего труда учёного, богатая сокровищница толкования, принципы которого изложены Бенгелем в «Рассуждении о правильном способе обращения с божественными предметами». Она поражает читателя краткостью выражения мысли. Про неё говорили: «Здесь в одной строчке больше смысла, чем в страницах текста других авторов». Бенгель скромно озаглавил книгу «Gnomon», или «Индекс», и его задачей было, скорее, подвести читателя к самостоятельному постижению смысла новозаветного текста, чем избавить читателя от труда постижения смысла текста. Принципом толкования было – не привносить ничего в Священное Писание, но добыть из текста все возможные смыслы, при этом строго придерживаясь грамматических и исторических правил, не размываемых соображениями догматики, и не использовать символических толкований. В «Gnomon Novi Testamenti» он применил метод объяснения Священного Писания через само Писание, который проложил путь библейскому богословию как самостоятельной дисциплине. Бенгель надеялся, что его книга разбудит интерес к исследованиям Нового Завета, и эти его надежды оправдались: книга много раз переиздавалась на латинском языке, была переведена с латинского языка на немецкий (Вернером в 1853 г.), на английский (в «Библиотеке Кларка»; 1857 и 1858 гг.), долгое время использовалась толкователями. Английский протестантский проповедник, один из основателей методизма Джон Уэсли (1703–1791 гг.) использовал это сочинение при составлении «Expository Notes upon the New Testament» (1755). Бенгель был также автором и редактором многочисленных трудов по классической филологии, патристике, экклесиологии, толкованию. Наиболее значительны «Ordo Temporum» («Порядок времён») – о хронологии Писания, в которую также вошли спекуляции Бенгеля на тему конца света, и книга «Exposition of the Apocalypse» («Объяснение Апокалипсиса»), бывшая очень популярной в Германии и переведённая на несколько языков. В этих сочинениях Бенгель на основании разных апокалиптических вычислений полагал, что тысячелетнее царство должно начаться в 1836 г. Его попытки оперировать библейскими цифрами и даже предсказать конец мира на основе Откровения имели влияние: почти 200 лет спустя герои швейцарского писателя и художника немецкого происхождения Германа Гессе (1877–1962 гг.) в книге «Игра в бисер» обсуждают работы Бенгеля. Подобные домыслы относятся к тому, что историк церкви и лютеранский теолог либерального направления Адольф фон Гарнак (1851–1930 гг.) назвал «библейской алхимией».